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Toolkit d'annotation de résidus de protéines
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Prostituée Classement & Résumé

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  • Rating:
  • Licence:
  • Freeware
  • Nom de l'éditeur:
  • Huzefa Rangwala
  • Systèmes d'exploitation:
  • Windows All
  • Taille du fichier:
  • 363 KB

Prostituée Mots clés


Prostituée La description

La boîte à outils Prosat a été développée pour être un ensemble de programmes permettant de créer des modèles basés sur SVM pour annoter les résidus d'acides aminés dans des séquences protéiques à l'aide de fonctionnalités fournies par l'utilisateur (comme des profils PSI-BLAST ou des profils PSIPRED). En particulier, la boîte à outils construit des fonctionnalités à l'aide d'une fenêtre autour du résidu et est équipée d'une fonction de noyau spécialisé (fonction de noyau exponentielle de seconde commande normalisée NSOE) ainsi que la fonction standard de noyau SVM. prosat_learn est le programme d'apprentissage "N" modèles de classification à un point de repos, où n sont le nombre possible d'annotations. Il peut également apprendre un modèle de régression de vecteur de support pour prédire une valeur de point flottante. usage Prosat_learn prosat_predict est le programme permettant de prédire l'annotation pour chaque résidu des modèles construits et de produire un profil de dimension L xn, émettant le score de chacun des n un-par rapport à Les modèles SVM de repos pour chaque résidu d'acide aminé et L est la longueur de la séquence protéique. En cas de modèle de régression, n = 1. usage Prosat_predict entrée Prosat_predict a trois paramètres requis: - Fichier de test: Le fichier de test fournit la liste des fonctionnalités de séquence pour lesquelles nous devons prédire les profils d'annotation. Il est similaire au fichier d'entrée utilisé dans prosat_learn, sauf qu'il ne contient pas les noms des fichiers d'annotation vraies, car nous prédisons la même chose. - Fichier de modèle: Le fichier de modèle est le fichier de modèle émis par Prosat_Learn - Fichier de prédiction: le fichier de prédiction fournit le chemin d'accès et le préfixe des prévisions de sortie sous forme de profils d'annotation. sortie La sortie consiste en un ensemble d'annotations et de profils prédits, qui ne sont que les prévisions SVM de chacun des modèles SVM «Num Element».


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