Métasim génère des collections de lecture synthétique avec cette application.
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Métasim Classement & Résumé

Métasim Mots clés

Analyser produire Prise en charge des périphériques synthétiques Contrôleur de réseau synthétique Synthétique choeur synthétique forme d'onde synthétique sonore synthétique Système biologique synthétique parole synthétique Ensemble de données métagénométrique Collection Synthetic Reads créer des ontologies synthétiques Générateur des ontologies synthétiques générer des ontologies synthétiques

Métasim La description

Metasim est un outil utile spécialement conçu pour vous aider à générer des collections de lecture synthétique qui reflètent la diversité de la composition taxonomique des ensembles de données métagénométiques typiques. Sur la base d'une base de données de génomes donnés, le programme permet à l'utilisateur de concevoir un métagénome en spécifiant le nombre de génomes présents à différents niveaux de la taxonomie NCBI, puis de collecter des lectures du métagénome en utilisant une simulation de plusieurs technologies de séquençage différentes. . Un échantillonneur de population produit éventuellement des séquences évoluées basées sur des génomes sources et un arbre évolutif donné. Les ensembles de données résultants peuvent être utilisés comme scénarios de test standardisés pour la planification de projets de séquençage ou pour l'assembleur de référence et le logiciel métagénomique. Caractéristiques principales: intègre une base de données pour les séquences de génome source génère des ensembles de lectures synthétiques ou de paires de mate à base de modèles d'erreur de séquençage adaptables (par exemple pour Sanger Chemistry, Roche 454 et Illumina (ancien Solexa) permet à l'utilisateur de configurer des valeurs d'abondance pour chaque organisme pour modéliser des compositions de taxon spécifiques fournit un échantillonneur de population pour générer des séquences évoluées basées sur des génomes sources et un arbre évolutif donné peut être contrôlé via une interface utilisateur graphique ou en mode ligne de commande

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