Idéogrambrowser

Un outil Java pour la visualisation des aberrations génomiques à l'aide de tableaux SNP Affymetrix
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Idéogrambrowser Classement & Résumé

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  • Rating:
  • Nom de l'éditeur:
  • Hans A. Kestler & André Müller
  • Site Internet de l'éditeur:
  • Systèmes d'exploitation:
  • Windows All
  • Taille du fichier:
  • 18.8 MB

Idéogrambrowser Mots clés


Idéogrambrowser La description

IDEOGRAMBrowser peut être utilisé pour comparer facilement un ensemble de fichiers de sortie à partir de l'outil d'analyse de numéro de chromosome de Chromosome AffyRix. La perte d'hétérozygosité (LOH) ou des marqueurs de perte / gain est tracée contre leur région chromosomique correspondante dans une représentation karyotypique ainsi que des gènes. Caractéristiques: * Traçage des marqueurs SNP dans un karyogramme (toujours nouveau généré de la table idéogramme de la base de données NCBI MapView Build 36.2). Voir l'annexe A pour modifier la base de données par défaut. * Les tailles de réseau SNP de 10k, 50k, 100k et 500k peuvent être importées à partir de l'outil d'analyse de numéro de copie affamétrix (CNAT 3 et CNAT 4) directement dans le format de fichier CNT (version 1.0 et 1.1). * Un format de fichier texte délimité de l'onglet Général peut être importé pour importer des données étrangères (par exemple générés par une application de feuille de calcul telle que Microsoft Excel). Donc, le logiciel ne se limite pas aux tableaux SNP Affymetrix et à l'outil d'analyse de numéro de copie d'affamétrix (CNAT 3 et 4). L'analyse SNP peut être combinée par exemple. avec des données Array CGH. Le nouveau format CNAT 4 scindre les marqueurs LOH dans un deuxième fichier. Si les fichiers ont le même préfixe, les fichiers LOH se chargent automatiquement lors de l'ouverture d'un fichier de copie (CN). * Tracé des marqueurs de gènes d'une copie locale de la base de données MAPView NCBI (Build 36.2) * Traitement par lots / importation de fichiers multiples. Fusion de fichiers divisés. * Seuil de log2RATIOS, LOH (perte d'hétérozygosité), spa (numéro de copie d'analyse à point unique) et valeurs de GSA (Génome lissé de copie) pour la génération de marqueurs (ce dernier n'est disponible que pour les puces avec plus de 10000 SNP). * Réduction de bruit via la fonctionnalité de filtrage * Représentation de la région de Conensus. * Liens vers http://www.genecards.org * Exporter vers le format JPG, SVG et PDF. * Fonctionnalité d'impression (l'impression peut ne pas fonctionner sous Linux en combinaison avec des tasses - il s'agit d'un problème Java 1.5 / Tasses: exporter les diagrammes comme PDF et imprimez par exemple avec Acrobat Reader) * Etc.


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