Meltsim Le simulateur de fusion de l'ADN
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Meltsim Classement & Résumé

Meltsim Mots clés

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Meltsim La description

Meltsim est un programme statistique-mécanique pour calculer des courbes de fusion (dénaturation) (profils dérivés) et des cartes de l'ADN, des gènes aux génomes. Le modèle est le réseau itinéraire issu à laquelle l'entropie en boucle a été ajoutée. L'algorithme d'origine est celui de la Pologne et de la Scheraga et de la Pologne, avec l'approximation du Fixman et Fririère de l'entropie en boucle par une somme d'exponentielles. Les paramètres de l'algorithme d'origine de Pologne ont été évalués par Blake et Delcourt et fournir un accord quasi quantitatif entre les TM observées et calculées, les amplitudes, les largeurs et les zones de transition obtenues dans des conditions d'équilibre. Le programme stocke les résultats de l'opération dans un fichier journal qui vous permet de passer en revue des informations et des opérations importantes. Caractéristiques principales: Le fichier d'entrée (séquence) ne nécessite aucun format spécial. Les bases peuvent être en majuscules et / ou minuscules, et aucune rupture de ligne n'est requise. Cependant, seules les lettres A, C, G et T sont comptées comme des bases. Avec l'application d'assistance appelée Compiler, des emplacements de séquence spécifiques dans les fichiers formatés Genbank peuvent être convertis et lus par Meltsim 1.0 pour Windows. Un titre sera automatiquement ajouté au sommet du graphique si la première ligne du fichier d'entrée contient du texte commençant par la poupe (#). Les bases sont normalement lues dans des blocs de 100000 pb et le d (thêta) / dt (le premier dérivé de la partie non démélité, avec la température) vs valeurs de T est moyenné car plus de bases sont en lecture. Le fichier de carte de fusion fournit des données pour le tout dernier bloc fondu. Meltsim 1.0 pour Windows peut être dirigé pour fondre dans des blocs marqués d'un astérisque (*) dans le fichier d'entrée. Il peut également lire n'importe quelle partie d'une séquence en donnant les emplacements de départ et d'arrêt. Plusieurs fichiers d'entrée peuvent être fondus de manière séquentielle à l'aide de l'astérisque Wildcard (*) dans le nom du fichier. Avec la fonction d'impression automatique, Meltsim 1.0 pour Windows peut être laissé à travailler sur n'importe quel nombre de fichiers, d'impression de graphiques au fur et à mesure de son apparition. Un fichier de sortie est produit de coordonnées de la courbe de fusion (D / DT en fonction de T). Un autre fichier de sortie est produit de coordonnées de la carte de fusion (T et THETA comme fonction de position de base, moyennée sur un domaine de taille réglable). Les fonts précédents peuvent être replués dans Meltsim 1.0 pour Windows, ainsi que tout fichier de coordonnées XY, on peut souhaiter utiliser une comparaison ou une référence. Les valeurs TM peuvent être calculées sur n'importe quelle courbe à l'aide d'une fonction d'intégration. La valeur de TM est affichée à la TM sur le graphique avec une ligne. Les courbes et la carte de fusion peuvent être affichées de différentes manières, et la fenêtre montre comment le graphique ressemblera lorsqu'il est imprimé.

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