Oligocheck Vérifiez la qualité des sondes phylogénétiques et des ensembles d'amorçage
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Oligocheck La description

Oligocheck est un outil basé sur Java conçu afin d'évaluer la robustesse, en évaluant une gamme phylogénétique d'amorce ou de la sonde à mesure que le nombre de désactivités de base avec une séquence cible potentielle augmente. L'utilisateur fournit un ensemble d'amorces ou une sonde pour vérifier, ainsi qu'une base de données de séquences d'acide nucléique. Oligocheck vérifie le jeu d'apprentissage ou la sonde contre chaque enregistrement pertinent de la base de données et indique si des correspondances se produisent avec un nombre croissant de désactivités de base autorisées. L'analyse résultante est affichée sous forme graphique aux côtés des données d'enregistrement de séquence. La capacité des ensembles d'amorces d'acide nucléique et des sondes de liaison exclusivement à la séquence d'acide nucléique correcte est fondamentale au ciblage précis de groupes phylogénétiques spécifiques. Une telle spécificité dépend en grande partie du caractère unique de la région de la séquence d'acide nucléique, ces oligonucléotides cible. Plus la région est unique, plus la région d'amorce ou la sonde sera robuste ne recuit que dans la cible prévue, même si les variations de la température de recuit et d'autres paramètres pertinents biochimiques entraînent des oligonucléotides qui se lient avec succès avec une ou plusieurs différences de base. Ainsi, un ensemble d'amorces robustes ou une sonde peut être considéré comme celui qui recuit exclusivement à la cible prévue même lorsque une ou plusieurs décalages sont autorisées.

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