Ngstools Outils d'analyse des données NGS
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Ngstools Classement & Résumé

Ngstools Mots clés

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Ngstools La description

Ngstools est un emballage basé sur Java visant à fournir un modèle d'objet permettant d'activer différents types d'analyse des données de séquençage de la prochaine génération. Le paquet propose également certains programmes d'utilité pour traiter les lectures alignées sur différents génomes de référence. Les outils les plus importants de ce package sont SNVQ, une algorithme de détection et de génotypage snov) précis (SNV) à partir d'appels de base et de scores de qualité et une règle définie pour fusionner des alignements de lecture à une bibliothèque de transcriptions de CCDS avec des alignements des mêmes lectures à une référence à une référence Assemblée. Le format de choix pour traiter des alignements dans chaque outil de ce package est SAM, ce qui permet d'intégrer Ngstools avec des programmes de cartographie couramment utilisés en tant que Bowtie et d'autres packages d'analyse tels que SamTools.

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