neuroconstruire Modélisation de réseau neuronal biophysiquement biophysiquement détaillé
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réseau neuronal réseau neurone Neuroscience informatique

neuroconstruire La description

NeuroConstruction est une application fiable créée pour simplifier le développement de réseaux complexes de neurones biologiquement réalistes, c'est-à-dire des modèles incorporant des morphologies dendritiques et des conducteurs de membrane cellulaire réalistes. Il est mis en uvre dans Java et génère des fichiers de script pour les simulateurs de neurones et de genesis, avec la prise en charge d'autres plates-formes de simulation (y compris les PSIC, Moose et PYNN) dans des étapes avancées de développement. Il utilise les dernières spécifications Neuroml, notamment MorphML, ChannelML et NetworkML. Le développement de ce logiciel a été rendu possible avec le financement de la fiducie Wellcome, du Conseil de la recherche médicale et du projet UE Synapse. Caractéristiques principales: NeuroConstruct peut importer des fichiers de morphologie dans Genesis, Neuron, Neurolucida, SWC et MorphML Format pour l'inclusion dans des modèles à cellules ou à des modèles de réseau unique, ou plus de cellules abstraites peuvent également être construites manuellement. Création de réseaux de neurones basés sur la conductance positionné en 3D Les motifs de connectivité complexes entre les groupes de cellules peuvent être spécifiés pour les réseaux Les scripts de simulation de peuvent être générés pour les simulateurs de neurones, de Genesis, de Moose, de PSIC et de PYNN (REMARQUE: Tous les projets peuvent être générés pour chaque simulateur) Mécanismes cellulaires biophysiquement réalistes (synapses / mécanismes de canal) peut être importé à partir de fichiers de script natif (* .mod ou * .g) ou créé à partir de modèles utilisant ChannelML Génération automatique de code pour enregistrer des données de simulation et une visualisation / analyse des données dans NEUROCONSTRUIT Les exécutions de simulation enregistrées peuvent être visualisées et gérées via l'interface de navigateur de simulation Une interface de script à base de Python peut être utilisée pour contrôler la génération et l'exécution du modèle, permettant ainsi à plusieurs simulations d'exécuter une optimisation des modèles de cellules et de réseau

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