Mcheza Détecter les marqueurs dominants avec cette application Java
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MCHeza a été développé comme un établissement de détection de sélection accessible et open source pour les marqueurs dominants. Comprendre la contribution de la sélection et de l'adaptation moléculaire dans la façonnage La variation large du génome a de nombreuses applications allant de la santé humaine à la conservation des espèces en voie de disparition. MCHeza fournit une plate-forme intégrée pour tester les marqueurs dominants pour la sélection. L'application fusionne le noyau DFDIST, une méthode FST-SIMPER largement utilisée pour détecter la sélection avec une interface intelligente et facile à utiliser. Caractéristiques principales: DFDIST - Le noyau de MCHeza est une version dominante d'une méthode de la FST de la FST largement utilisée pour détecter la sélection. Prise en charge de la correction multiple basée sur de fausses tarifs de découverte (FDR). La correction multitest est essentielle pour éviter une surestimation élevée du pourcentage de valeurs abrégées. application de démarrage de Web Java avec une interface facile à utiliser, directement utilisable du Web. Importation de données au format GenePop. Données Exporter vers R ou le logiciel de feuille de calcul couramment utilisé. Possibilité de choisir quelles populations et / ou quelles sont étudiées. approximation de la FST neutre moyen en supprimant les locus potentiels sélectionnés. approximation de la moyenne simulée de la FST simulée à la valeur moyenne trouvée sur le jeu de données réel, même lorsque les conditions expérimentales sont loin de celles où la formule théorique est tirée (par exemple, un faible nombre de Demes ou l'utilisation du modèle de mutation progressive). lissage itératif des contours d'intervalle de confiance. Génération de graphiques de qualité de publication dans plusieurs formats (PNG, SVG et PDF) capacité à utiliser plusieurs curs de processeur lors de l'exécution de DFDIST.

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