Varscan identifier facilement les SNP avec cette application
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Varscan Classement & Résumé

Varscan Mots clés

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Varscan La description

VarcanSan est un outil basé sur Java spécialement conçu pour être un utilitaire de plate-forme et de technologie indépendante pour identifier les SNP et Indels dans un séquençage massivement parallèle d'échantillons individuels et groupés. Données données pour un seul échantillon, VarcanSan identifie et filtre les variantes germinales basées sur des dénombrements de lecture, une qualité de base et une fréquence allèle. Données données pour une paire tumorale-normale, VarcanSan détermine également le statut somatique de chaque variante (germinal, somatique ou loh) en comparant les comptes de lecture entre échantillons. Caractéristiques principales: appelle les SNP et Indels de SamTools Pileup Files filtres de variantes par couverture, profondeur de lecture, fréquence variante et qualité de base détermine le statut somatique (somatique, germinal, loh) pour les paires tumorales-normales se compare, fusionne et coupe deux listes de variantes limite les appels de variante à un ensemble de positions cibles ou de régions cibles

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