Sbmlsletteeer Génération d'équations cinétiques pour les réseaux biochimiques
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Sbmlsletteeer Classement & Résumé

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Générateur biochimique

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SBMLSqueezer génère des équations cinétiques pour des réseaux biochimiques en fonction du contexte de chaque réaction. Lorsqu'il est utilisé comme plug-in pour CellDesigner, il utilise les informations de la représentation SBGN de tous les composants du réseau. En mode autonome, SBMLSQUEEEZER évalue les annotations de la biologie des systèmes (SBO) pour extraire ces informations. Les lois tarifaires pouvant être produites par SBMLSQUEEZER comprennent plusieurs types d'action de masse généralisée; La cinétique d'enzymes détaillée et généralisée, divers types d'équations de colline, de systèmes S et H et de modèles additifs pour la régulation des gènes. Les paramètres définis par l'utilisateur spécifient l'équation à appliquer pour tout type de réaction et comment assurer la cohérence des unités du modèle. Les équations peuvent être créées à l'aide de menus contextuels. Tous les paramètres nouvellement créés sont équipés de l'unité dérivée et annotées avec SBO Termes si des noms textuels disponibles et significatifs. MathML est inséré directement dans le fichier SBML. L'exportation de latex ou de texte d'équations différentielles ordinaires est fournie. Donnez à SBMLSQUEEZER un essai d'évaluer pleinement ses capacités!

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