Sammate Traiter les fichiers SAM avec cette application.
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Sammate Classement & Résumé

Sammate Mots clés

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Sammate La description

SAMMATE est un outil pratique et facile à utiliser spécialement conçu pour le traitement rapide des fichiers SAM pour automatiser certaines des procédures plus standard dans l'analyse des données ARN-SEQ. En utilisant des fichiers d'annotation standard ou personnalisé, SamMate permet aux utilisateurs de calculer avec précision une couverture de lecture courte pour tout intervalle génomique. En particulier, pour les données ARN-SEQ, SAMMATE calcule avec précision les scores d'abondance de l'expression des gènes pour tout intervalle génomique personnalisé en utilisant des lectures courtes provenant des deux exon et des jonctions exon-exon. Sammate Calcule également rapidement une carte de signal de génome entier à la résolution de base, qui est l'entrée requise pour résoudre une gamme de problèmes de bioinformatique. SAMMATE exporte un fichier Wiggle pour la visualisation d'alignement dans le navigateur de génome UCSC et un rapport de statistique d'alignement. SAMMATE est compatible avec les technologies de séquençage à une extrémité et de fin de jumelage. Caractéristiques principales: Calculer le score d'abondance des fonctionnalités génomiques utilisant des données ARN-SEQ Génération de la carte du signal pour la détection de pointe Génération de fichiers Wiggle pour la visualisation Génération de rapports d'alignement Personnaliser le fichier d'annotation Gene personnaliser le nom du chromosome dans le fichier de sortie

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