Vorprot Un outil pour l'analyse des caractéristiques géométriques de la structure de protéines
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Vorprot Classement & Résumé

Vorprot Mots clés

structure Géométrie géométrique protéine Synthétiseur géométrique géométrique analystic analyse géométrique Outil de modélisation géométrique Screensaver géométrique Voir la structure des protéines Afficher la structure des protéines analyse des protéines analyse de structure Bibliothèque multigride géométrique structure de protéines Caractéristiques de la protéine géométrique Analyse de la banque de données de protéines Analyse de gènes codant en protéines Explorer la structure des protéines Analyse de séquences protéiques Analyse des familles de protéines Analyse de la structure du cerveau Analyse de la structure périodique Analyse de la structure de données Structure de la protéine 3D

Vorprot La description

La possibilité d'analyser et de visualiser des caractéristiques géométriques de la structure de protéines tridimensionnelle (3D) est fondamentale pour les études de pliage de protéines, d'emballage de résidus, d'amarrage, d'interactions protéines-protéines, etc. Certaines des structures de données géométriques avancées permettent de réaliser de tels une analyse de manière globale. Avec cet objectif à l'esprit, nous avons développé VoroProt, un outil interactif pour l'analyse des caractéristiques géométriques de la structure des protéines. En particulier, nous avons décidé de fournir certaines des méthodes géométriques, non incluses dans d'autres packages logiciels similaires. VoroProt Construit et affiche le diagramme Apollonius (également appelé diagramme de sphères Voronoï) et un graphique Apollonius (également appelé triangulation de Delaunay de sphères) d'atomes de protéines, compte tenu de chaque atome d'être une sphère de 3D de rayon de Waals Van der Waals. VoroProt dérive des atomes de protéines sur les surfaces de contact et les surfaces accessibles au solvant du diagramme Apollonius et permettent leur visualisation. De plus, il peut trouver et afficher des cavités à l'intérieur de la structure de protéines. Pour construire un diagramme Apollonius dans Voroprot, nous avons utilisé notre propre implémentation d'algorithme, qui peut être appliquée non seulement pour les atomes de protéines, mais également pour tout ensemble de points ou de sphères en 3D. Donnez à Voroprot essayer d'évaluer pleinement ses capacités!

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