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Densité Classement & Résumé

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Densité La description

La microscopie électronique est devenue un outil important de la biologie structurelle. De nombreuses protéines qui ne peuvent pas être faites pour cristalliser dans un cristal 3D appropriée pour la cristallographie à rayons X peuvent néanmoins être étudiées par microscopie électronique, soit comme des molécules simples ou sous la forme de cristaux 2D. Cependant, les structures résultantes ont une résolution beaucoup plus faible. À des exceptions rares, les cartes de densité d'électrons obtenues par microscopie électronique ne sont pas suffisantes pour identifier la structure à la résolution atomique. Dans certaines situations, une structure au niveau atomique de la même protéine dans une autre conformation est disponible. DensityFit est un outil conçu pour combiner ces informations avec la structure à basse résolution. Cet outil à base de python fait que, en déformant la structure atomique connue pour la rendre dans la carte de densité d'électrons à basse résolution. La flexibilité de la protéine est décrite par un modèle de réseau élastique, dont les modes normaux de faible énergie définissent les déformations autorisées. Cette procédure garantit que l'intégrité de la protéine est préservée pendant la déformation. Comparé à d'autres algorithmes similaires publiés, celui implémenté dans DensityFit présente l'avantage d'avoir été testé sur de véritables données expérimentales pour une protéine de taille moyenne, CA-Atpase. L'algorithme et son application à Ca-Atpase ont été décrits dans

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