Pph Un programme de déesser des haplotypes de génotypes
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Pph Classement & Résumé

Pph Mots clés

Analyse haplotype haplotypes étendus Analyse de haplotype générer des génotypes interagissant créer des génotypes interagissant génotypes de descendance phylogénie population génétique Analyse de génotype Analyse des haplotypes haplotypes de chèvre 3 génotypes diploïdes

Pph La description

L'HPP a été développé pour être un programme de déesser des haplotypes à partir de génotypes afin de déterminer s'il y a des haplotypes résultant qui correspondent à un modèle d'arbre (c'est-à-dire une phylogénie parfaite, une coalecente). En plus de termes génétiques de la population, le PPH détermine si un ensemble de génotypes SNP peut être expliqué par des paires haplotypes qui auraient pu évoluer sur une coalecente sous le modèle de sites infinis et infinis. Par conséquent, il détermine les données de génotype SNP Quel test de trois ou quatre gamètes (selon que l'arborescence est enracinée ou non) détermine les données haplotype. Dans le programme PPH, lorsqu'il a demandé le format des données d'entrée, sélectionnez l'un des numéros 1 à 7 comme expliqué ci-dessous. Le format d'entrée détermine le format de sortie. étape par étape pour utiliser ce programme: 1. Tapez "pph.exe" pour démarrer le programme. 2. Veuillez saisir le nom de fichier: Entrez le nom de fichier du fichier contenant des informations génotypes ou haplotypes. 3. Veuillez saisir le numéro du format de fichier: (Veuillez vous reporter au fichier "format.txt"): Ce programme peut lire sept types de formats différents. S'il vous plaît se référer au fichier "Format.txt" pour plus d'informations sur les formats. La valeur d'entrée doit être de 1 à 7. 4. Veuillez saisir le nom du fichier qui contient le vecteur ancestral, c'est-à-dire le vecteur binaire spécifiant les états de caractères à la racine de l'arborescence. Il y a deux cas particuliers d'importance particulière. Si les états ancestraux sont tous-0, entrez simplement «D» pour le cas par défaut; Si vous ne connaissez pas les États ancestraux, entrez "M" pour le vecteur majoritaire). Dans ce cas, le programme déterminera s'il existe un arbre non analysé qui pourrait évoluer les génotypes donnés. 6. Un fichier de sortie sera généré. Le nom du fichier de sortie est "Sortie". Pour plus d'informations sur les formats de sortie, voir le fichier format.txt. 7. Le programme vérifie également la cohérence de la production. C'est-à-dire qu'il vérifie que chaque paire de haplotypes de sortie correspond en réalité au vecteur de génotype d'entrée correct. Le programme rapporte le résultat de cette étape de vérification.

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