Hapsnap est un utilitaire conçu pour calculer des haplotypes courants dans une population humaine de la fréquence d'allèle SNP. Son principal avantage sur l'estimation haplotype basé sur GeneType est la vitesse, à la fois en termes de génération de données moléculaire et de calcul. Son principal inconvénient est une précision réduite.
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