Snoopcgh Un visualiseur de données d'hybridation génomique.
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Snoopcgh Classement & Résumé

Snoopcgh Mots clés

téléspectateur voir Visionneuse de données explorer Météorologie Visionneuse de données Visionneuse de données multidimensionnelles visionneuse de données spatiales Région génomique Méthylation méthylation génomique Visionneuse de données géographiques Visionneuse de données démographiques Visionneuse de données GRIB ModelRight Data Viewer Voir les informations génomiques Analyser les informations génomiques Visionneuse de l'information génomique Voir les données génomiques Visionneuse de données génomiques Explorez les données génomiques Visionneuse de données expérimentales séquence génomique de mammifère Simulateur génomique simulation génomique génomique BAM Data Viewer Visionneuse de données de phénotype Accéder à la diversité génomique visionneuse de données évolutive Simulation de données génomiques analyser des données génomiques Variation structurelle génomique Loci génomique Annoteur génomique Clarion Data Viewer

Snoopcgh La description

SnoopCGH est un programme de bureau Java, conçu pour vous aider à visualiser et à explorer des données d'hybridation génomique comparative (CGH). Le logiciel permet à l'utilisateur d'analyser de manière interactive plusieurs ensembles de données simultanément. L'entrée est basée sur un format de tabulation, d'espace ou de virgule, contenant une série de valeurs d'intensité de journalisation correspondant à une ou plusieurs comparaisons ou échantillons. Snoopcgggggs fournit des parcelles CGH avec un zoom illimité (chez les deux axes) qui peuvent être explorés de manière interactive avec la souris. L'utilisation de plusieurs couches pouvant être empilées et combinées, facilite la visualisation des données. Il est possible d'appliquer plusieurs couches à une parcelle afin de filtrer les ratios CGH ou d'effectuer une analyse statistique dans les régions d'intérêt. Des méthodes d'analyse ont été mises en uvre et permettent la visualisation rapide et la dissection de variations structurelles putatives (SVS). En particulier, les données sont lissées à l'aide d'un algorithme basé sur des ondelettes haar et des îles de SV potentielles sont estimées à l'aide de SW-tableau. Nous supprimons les valeurs aberrantes avant l'estimation pour augmenter la robustesse et l'estimation des niveaux d'importance statistique et de robustesse des SV putatives utilisant des permutations. Cette quantification de SV de putative conduit à une capacité de classer les régions d'intérêt. D'autres algorithmes de détection SV pourraient être intégrés à l'avenir. Une fonctionnalité puissante de SnoopGGH est sa capacité à interfacer avec des fichiers d'annotation téléchargeables à partir de navigateurs génomiques, qui incluent des informations sur les noms de gènes et les fonctionnalités génomiques. L'utilisateur a une représentation visuelle des annotations au pied de la parcelle et peut facilement accéder à des informations textuelles détaillées en cliquant dessus ou par la recherche textuelle. Les liens directs vers les principaux navigateurs génomiques sont incorporés.

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