Happouvis Analyse de haplotype facilitée.
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Happouvis Mots clés

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Happouvis La description

L'analyse de haplotype est conçue pour les tests génétiques moléculaires afin d'identifier les segments d'ADN partageant des similitudes. Haploview a été créé pour améliorer les tâches relatives à une telle analyse. L'application est basée sur Java, qui le rend inter-plate-forme et qu'il n'est pas nécessaire de passer à travers un processus d'installation. Les formats de fichier et les optionsLooks d'options sont simples et au point, avec un seul panneau qui accepte le chargement de cinq fichiers. Formats: liaison standard, décharges de données du projet HAPMAP, phase ou plink. Il existe également une prise en charge de plusieurs fichiers en appliquant la ligne de commande "batch ". Indépendamment du format de fichier choisi chargé dans l'application, les mêmes paramètres peuvent être personnalisés. Celles-ci font référence à la comparaison par paire des marqueurs, qui peut être supérieure à une valeur spécifiée par l'utilisateur (la valeur par défaut est définie sur 500 Ko). Un deuxième paramètre fait référence à la quantité de génotypes manquants chez les individus. En fonction de la valeur de l'utilisateur, ces personnes peuvent être exclues de l'analyse. Les paramètres de configuration supplémentaires sont disponibles pour certains des formats de fichiers pris en charge. Dans le cas de la liaison standard, les utilisateurs ont la possibilité d'activer les tests d'association, les données de trio de la famille ou charger un fichier de test. Après avoir chargé un tel fichier, divers affichages sont disponibles, qui incluent la parcelle LD, les haplotypes, les marqueurs de contrôle ou le tagueur (combine des méthodes paires avec l'efficacité potentielle des approches multiples). Avec format de phase, la piste d'informations sur HAPMAP peut être téléchargée s'il existe une connexion Internet. Fonctionnalité Le programme peut être utilisé pour effectuer une analyse LD et haplotype et estimer la fréquence des haplotypes dans la population. La liste des fonctions soutient également les tests de permutation susceptibles de révéler la signification de l'association. ConclusionHaploView est un programme avec des applications scientifiques prenant en charge plusieurs tâches relatives au processus d'analyse de haplotype. Il peut être utilisé par les étudiants familiers avec le sujet et il est également flexible en termes de fonctionnalité et de convivialité. Commenté par Ionut Ilascu, dernière mise à jour le 7 mars 2014

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