Ammp une mécanique moléculaire moderne de qualité supérieure
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Ammp Classement & Résumé

Ammp Mots clés

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Ammp La description

L'application AMMP a été développée pour être un programme moderne de mécanique moléculaire, de dynamique et de modélisation de qualité supérieure. Il peut manipuler à la fois de petites molécules et de macromolécules, y compris des protéines, des acides nucléiques et d'autres polymères. En plus des caractéristiques standard, telles que la dynamique moléculaire numériquement stable, la méthode Multiole rapide pour inclure tous les atomes dans le calcul des potentiels à longue portée et des optimiseurs structurels robustes, il a un choix flexible de potentiels et une capacité simple mais puissante de manipuler des molécules et d'analyser l'individu termes énergétiques. Un avantage majeur sur de nombreux autres programmes est qu'il est facile d'introduire des liens de polymère non standard, des ligands inhabituels ou des résidus non standard. Ajout d'atomes d'hydrogène manquants et compléter des structures partielles difficiles pour de nombreux programmes, sont simples dans l'AMMP. AMMP comprend seulement sa propre langue. Vous lisez un fichier de coordonnées existant en la compilant dans la langue AMMP. Le préammp de programme (préwin) fait cela. Le préammp peut être exécuté seul, ou appelé depuis le menu Fichier d'AMMP95. Le préammp nécessite plusieurs intrants. Vous serez invité à chacun d'entre eux avec un menu de choix de fichier Windows. Si vous n'aimez pas cela, annulez simplement la fenêtre et entrez le nom de fichier dans la fenêtre Prewin Man (c'est plus simple à faire que de décrire!). Lorsque vous n'avez pas de fichier, par exemple lors de la génération de coordonnées à partir de zéro, vous devrez tous les deux annuler le menu de choix de fichiers Windows, puis entrez le retour pour la fenêtre principale. Le préammp ne travaille qu'un seul résidu à la fois. Vous devrez fournir le lien d'intermonomère dans un polymère. Des scripts tels que peplink.amp (pour les protéines) et ndick.amp (pour la liaison d'ADN / ARN standard) sont fournis. Celles-ci ont été générées en générant le modèle pour la dimère et en extrayant les termes appropriés. Ils sont également un bon endroit pour savoir comment manipuler des atomes et des potentiels dans un script automatique. Pour créer une nouvelle molécule, vous devez d'abord définir un modèle. Vous exécutez alors le préammp. Lorsque le préammp demande un jeu de coordonnées n'entre aucun nom de fichier. Contrairement à l'étui de molécule existant, le préammp ne sera pas en mesure de rechercher automatiquement le type de molécule des coordonnées. Vous serez donc invité à entrer un nom de molécule. Ceci est limité à trois caractères pour s'adapter au format PDB. (Désolé pour ça, mais c'est comme ça).

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