Wh Un programme informatique qui effectue le montage d'un modèle de spécification
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Wh Classement & Résumé

Wh Mots clés

Modèle d'ordinateur Dell séquence raccord normal Séquence d'ADN raccord Analyse de l'ADN ADN raccord stochastique Spécialité parapatrique modèle d'isolement isolement ajustement des données raccord de surface

Wh La description

QL a été développé pour être un programme informatique qui effectue le montage d'un modèle de spécification et effectue des tests de la qualité de l'ajustement de ce modèle. Le modèle de spécification s'appelle le modèle d'isolation et est un sans flux de gènes. Avec des données comparatives de séquence d'ADN de chacune des deux espèces étroitement liées, le procédé permet une estimation du temps depuis la spécification et la taille de l'espèce ancestrale. Le modèle d'isolation suppose ce qui suit: - Deux espèces ou populations, à partir desquelles les données ont été échantillonnées, sont découlées d'une seule espèce ancestrale ou d'une population, un peu de temps, des générations T, dans le passé. - L'espèce ancestrale commune, ou la population était de la taille constante de NA. - Les deux espèces descendantes (populations) ont respectivement des tailles efficaces N1 et N2. - Sauf pour le moment de la séparation de la population au moment t, les tailles de population sont constantes. - Depuis la séparation de la population, il y a zéro flux de gènes entre l'espèce (populations). - Toutes les mutations sont neutres. Le fichier de programme devrait résider dans le même dossier que le fichier de données ou dans un dossier recherché automatiquement par le système d'exploitation. Le programme peut être exécuté à l'aide des paramètres de ligne de commande ou en tapant simplement le nom du programme ('wh'). Si les paramètres de ligne de commande ne sont pas utilisés, le programme demande les valeurs des paramètres d'exécution. L'utilisateur démarre le programme simplement en allant dans le dossier où le fichier de données existe et saisit le nom du programme (E.G. "Sites") suivi de la touche Entrée. Le programme pose plusieurs questions sur le fichier de données et l'analyse souhaitée. Près de toutes les commandes et options peuvent également être saisies à l'aide des paramètres de ligne de commande. Le programme peut être démarré avec ou sans l'utilisation d'instructions à la ligne de commande. Sans instructions de ligne de commande - Tapez simplement «wh» à l'invite. Le programme demandera des informations de base. Sur un PowerPC, cliquer sur l'icône du programme ouvre une petite fenêtre dans laquelle les paramètres de ligne de commande peuvent être entrés. L'utilisateur peut également simplement toucher le retour à ce stade et le programme demandera des paramètres d'exécution. Paramètres de ligne de commande: Tapez et entrez wh -d'datafilename '-r'resultsfilename' -n'numsims '-L'ldtype' -a'ranseed ' Où: 'Datafilename' est le nom d'un fichier de données dans le même dossier que le programme "RESULTSFILENAME" est le nom du fichier qui sera créé pour contenir les résultats. Le fichier de résultats sera généré avec une extension de '.wh' 'Numsims' est un entier du nombre de simulations à courir. Le raccord de base du modèle ne nécessite pas de simulation. Si cette valeur n'est pas nulle ou vide, le fichier de données doit disposer des informations nécessaires sur les taux de recombinaison. 'LDTYPE' indique au programme Quel type de valeur de déséquilibre de liaison à calculer. Cette option nécessite que des simulations soient effectuées et que le fichier de données incluait des informations sur la recombinaison et les valeurs de LD observées. "LDTYPE" doit correspondre à la mesure du déséquilibre de liaison utilisé pour générer le Datafile. 'ldtype' peut prendre les valeurs suivantes: 'R' invoque le coefficient de corrélation 'S' invoque r ^ 2, le carré du coefficient de corrélation 'D' invoque la mesure de déséquilibre de base de la diséquiité gamatique d "P" invoque le d 'qui est égal à d / dmax, où Dmax est la valeur maximale possible de D étant donné les fréquences d'allèle observées. 'B' invoque la valeur absolue de D, | D | "RANSEED" est une graine de nombres aléatoires et n'est généralement pas nécessaire que si l'utilisateur souhaite répéter les simulations exactement.

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