Utilitaire de prédiction d'élution normalisée (NET) Compute des valeurs de temps d'élution normalisées prédits pour les séquences peptidiques
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Utilitaire de prédiction d'élution normalisée (NET) Classement & Résumé

Utilitaire de prédiction d'élution normalisée (NET) Mots clés

prédire calculer Normalisé vbr mp3 peptide spectateur peptide calculer la différence de temps fragmentation peptidique séquence peptidique Informations sur les peptides Analyseur de fragments peptidiques prédire la fragmentation peptidique Analyser le peptide distribution de peptide Résultat de frappe peptidique modeleur de peptide extracteur peptidique Identification de peptide Peptide maldi Statistiques de peptide peptide protéotypique Évaluation des peptides aligneur peptidique aligner le peptide temps d'élution normalisé Prédiction nette Fragments de peptide Genespring Ajouter des valeurs de temps Analyse de peptide

Utilitaire de prédiction d'élution normalisée (NET) La description

L'utilitaire de prédiction d'élution normalisée (NET) est un petit utilitaire conçu pour calculer les valeurs de temps d'élution normalisées prédites (net) pour une liste de séquences peptidiques. Les temps d'élution sont destinés à être utilisés avec une chromatographie liquide de phase inversée (par exemple, l'utilisation des particules de silice revêtues de C18) et sont utilisées dans notre laboratoire pour l'alignement des jeux de données LC-MS et LC-MS / MS / MS (en utilisant les temps d'élution prévus pour former un Master In-Silico Dataset pour aligner chaque ensemble de données). Les temps d'élution prévus sont également utilisés par le simulateur de digestion protéique de base lors du calcul du nombre de peptides identifiables de manière unique dans un fichier d'entrée à la fois en masse et au filet. L'utilitaire de prédiction nette lit les peptides d'un fichier texte contenant une séquence peptidique sur chaque ligne. Le fichier de sortie comprend la séquence peptidique plus la valeur nette prédite (et / ou la valeur SCX prévue) à l'aide d'un ou de tous les algorithmes de prédiction: · Modèle de temps de rétention Kangas / Petitite LC · Modèle de fraction Kangas / Petritis SCX · Modèle d'hydrophobicité krokhin · Modèle d'hydrophobicité

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