TrebresNatcher plus

Un outil de capture d'arbres phylogénétiques
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TrebresNatcher plus Classement & Résumé

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  • Rating:
  • Licence:
  • GPL
  • Nom de l'éditeur:
  • Arndt von Haeseler
  • Systèmes d'exploitation:
  • Windows All
  • Taille du fichier:
  • 2.2 MB

TrebresNatcher plus Mots clés


TrebresNatcher plus La description

TrebresNatcher Plus a été développé pour être une application Java pilotée par une intervention graphique qui automatise la génération d'une représentation lisible par la machine des arbres phylogénétiques multifurcies contenus dans des images de pixels. Il utilise des méthodes de traitement d'image pour préparer l'image et détecter la structure de l'arborescence. L'utilisateur supervise le processus de reconnaissance semi-automatique et effectue des corrections à l'image et à la topologie si nécessaire. À la fin, le programme produit un code d'arborescence de Newick qui représente la structure de l'arborescence éventuellement comprenant des longueurs de branche. TrebresNatcher Plus est une version étendue et re-conceptualisée de TrebresNatcher. Il est bien adapté pour soutenir la recherche sur des phylogénies complexes et sera utile si on veut combiner des phylogénies sur la base d'une collection d'arbres déjà publiés non électroniquement. De plus, TrebresNatcher Plus est également adapté à des fins éducatives car elle permet à l'utilisateur de construire ses propres arbres et de modifier les topologies existantes. Les figures d'arbres phylogénétiques sont largement utilisées dans les publications pour illustrer le résultat d'une analyse évolutive. Cependant, comme on ne peut pas extraire sans effort une représentation lisible par machine, c'est-à-dire une nouvelle expression de la phylogénie à partir de telles images, celles-ci ne conviennent pas à une réanalyse ultérieure ou à une compilation facile des topologies des arbres. Par conséquent, une représentation lisible par ordinateur d'un arbre publié a soit construite complètement à la main, soit à l'aide d'applications spéciales. Ici, TrebresNatcher Plus peut être précieux. Il identifie la topologie d'un arbre (par exemple une figure d'une publication) avec interaction utilisateur. L'application comporte une interface utilisateur graphique sophistiquée basée sur l'API Java Swing. La nouvelle version, TreeNatcher Plus, a été développée à partir de zéro et offre une interface utilisateur graphique stable, utilise des méthodes améliorées pour le traitement des images et pour l'analyse de la topologie des arbres. En particulier, il n'est plus nécessaire de prétecter une image avant de l'alimenter dans les arbresNatcher plus. La nouvelle application offre tous les outils de prétraitement d'image nécessaires.


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