Semphy a été développé pour être un outil de reconstruction phylogénétique intensive de données. Semphy déteste des phylogénies par une probabilité maximale, le critère le plus établi de recherche de l'arbre phylogénétique correct. Semphy cherche à la fois la topologie la plus probable de l'arbre évolutif et les longueurs optimales de ses branches. Il utilise le paradigme algorithmique de l'EM de structure dans une nouvelle méthode informatique pour une inférence phylogénétique, ce qui rend le calcul efficace et efficace: Semphy peut gérer de très grands ensembles de données avec une bonne précision et une durée de fonctionnement raisonnable. Nous nous référerons à la procédure EM en tant que "Semphy Step". Toutes les utilisations de Semphy sont en appelant la SEMPHY exécutable d'une invite de commande avec certains paramètres: SEMPHY
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