L'application Phyltest a été développée pour être un programme d'analyse à quatre grappes, d'essais de branche d'intérieur, de tests de taux relatifs et de calcul du temps de divergence et d'estimation des distances de paire moyenne (et des erreurs standard) dans et entre les grappes de séquences. Les analyses suivantes peuvent être menées avec ce programme: - Comparaison de trois arbres phylogénétiques alternatifs pour quatre grappes monophylétiques de séquences (analyse à quatre grappes; RZHetsky, Kumar et Nei 1995). - Examen de l'hypothèse nulle qu'une longueur de branche intérieure est significativement supérieure à zéro (test de la branche d'intérieur; RZHetsky et Nei 1992). - Estimation des distances paires moyennes (et des erreurs standard) dans les clusters de séquences. - Tests de taux relatifs et calcul du temps de divergence.
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