Note4Site Programme de détection de sites d'acides amino-acides conservés
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détecter détecteur acide Titrage acide police acide dossier détection Transaction acide Analyse de l'acide nucléique Alignement de la séquence multiple Trouver l'acide aminé Finder d'acides aminés rechercher un acide aminé Analyseur d'acides aminés Séquence d'acides aminés acide aminé Traducteur d'acide aminé thème acide extraire l'acide aminé solution acide résidus d'acides aminés acide aminé optimal Séquence d'acide nucléique Analyser l'acide aminé acide nucléique analyser la paire d'acides aminés Analyse des paires d'acides aminés Analyse de séquence d'acides aminés Analyser la séquence d'acides aminés Classification des acides aminés Topologie d'acides aminés Détecteur d'acides amino détecter l'acide amino-acide trouver miarna conservé Finder de Mirna conservé Recherche de Mirna conservée Analyser la chaîne d'acides aminés boucles acides Transactions acides pro acide acide pro 7 jar fichier mobile sc4lot simcity 4 architecte de crocodile logiciel frattloop PC Convertir SD2F PST Viewer Open Pinacle videospin 1.1 Nokia N70 Softweare nero dolby r rédacteur de pdf primo ati vga x300e Bubblet gratuit pour

Note4Site La description

La note4Site a été développée pour être un programme de détection des sites d'acides amino-acides conservés en calculant la fréquence évolutive relative de chaque site de l'alignement de séquences multiples (MSA). Vue d'ensemble: Le taux d'évolution n'est pas constant chez les sites d'acides aminés: certaines positions évoluent lentement et sont communément appelées «conservées», tandis que d'autres évoluent rapidement et sont appelées «variable». Les variations de taux correspondent à différents niveaux de sélection de purification agissant sur ces sites. La sélection de purification peut être le résultat de contraintes géométriques sur le pliage de la protéine dans sa structure 3D, des contraintes sur les sites d'acides aminés impliqués dans une activité enzymatique ou en liant de ligand ou, alternativement, dans des sites d'acides aminés qui participent à des interactions protéines-protéines . Taux4Site calcule le taux évolutif relatif sur chaque site à l'aide d'un modèle évolutif basé sur une probabilisme. Cela permet de prendre en compte le processus stochastique que l'évolution de la séquence sous-jacente dans les familles protéines et l'arbre phylogénétique des protéines de la famille. Le score de conservation sur un site correspond au taux évolutif du site. Méthodologie: La seule entrée obligatoire à Not4Site est un fichier MSA. Le programme calcule ensuite un arbre phylogénétique cohérent avec la MSA disponible (l'utilisateur peut également entrer un arborescence pré-calculé). Il calcule ensuite le score de conservation relatif pour chaque site de la MSA. Ceci est effectué à l'aide d'une méthode bayésienne empirique ou d'une méthode de vraisemblance maximale (Puppo et al., 2002).

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