Ng-nouveau une méthode modifiée de NEI-GOJOBORI pour calculer des distances synonymes et non synonymes
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Ng-nouveau Classement & Résumé

Ng-nouveau Mots clés

séquence Séquence d'ADN ADN nucléotide Taux de nonynonyme Trouver des distances patristiques distance synonyme distance non synonyme distance nonsynonyme radicale Substitution synonyme Substitution non synonyme Méthode de modification Rational synonyme

Ng-nouveau La description

La nouvelle application NG a été développée un petit outil de ligne de commande pour estimer des distances synonymes et nonsiynonymes entre les séquences d'ADN codant en protéines. La méthode est modifiée à partir de la méthode d'origine Nei et Gojobori (1986) pour prendre en compte le biais de transition. Pour utiliser le programme, vous avez besoin d'un fichier d'entrée contenant les séquences d'ADN codant en protéines (voir rnase.seq pour un exemple). Ce fichier commence avec deux nombres: le nombre de séquences et le nombre de nucléotides par séquence (longueur de séquence). La deuxième ligne sera le nom de la première séquence et la troisième ligne sera la première séquence, etc. Seuls un, g, c, t, a, g, c et t sont autorisés. Les lacunes doivent être supprimées et les séquences doivent être alignées à l'avance. Les séquences ne doivent inclure que des régions de codage de protéines, avec des codons d'arrêt supprimés.

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