Isoem

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Isoem Classement & Résumé

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  • Rating:
  • Nom de l'éditeur:
  • Bioinformatics Lab
  • Systèmes d'exploitation:
  • Windows All
  • Taille du fichier:
  • 3.8 MB

Isoem Mots clés


Isoem La description

L'application ISOEM est un outil basé sur Java pouvant être utilisé pour déduire des niveaux d'expression d'isoformation et d'expression génique à partir de données de séquençage de transcriptions à haut débit (ARN-SEQ). Isoem utilise un nouvel algorithme d'attente-maximisation qui exploite les informations de désambiguïssement de lecture fournies par la distribution des tailles d'insertion générées lors de la préparation de la bibliothèque de séquençage et profite des scores de qualité de base, des brins et des informations de jumelage de la qualité. Des expériences empiriques sur des ensembles de données synthétiques montrent que l'algorithme surpasse de manière significative des méthodes existantes d'estimation de niveau d'expression d'isoforme et d'expression génique à partir de données ARN-SEQ.


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