Iqpnni Opération importante de Quartet Perzzling et NNI
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Iqpnni Classement & Résumé

Iqpnni Mots clés

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Iqpnni La description

Le nom IQPNNI représente une opération importante de Quartet Presszzling et NNI. Une méthode de reconstruction d'arbres efficace (IQPNNI) est introduite pour reconstruire une arborescence phylogénétique à base de données de séquence d'ADN ou d'acides aminés. Notre approche combine divers algorithmes rapides pour générer une liste d'arbres candidats potentiels. L'ingrédient clé est la définition des quatuors dites importants (IQS), qui permettent le calcul d'un arborescence intermédiaire dans O (n ^ 2) temps pour n séquences. L'arborescence résultante est ensuite optimisée en appliquant l'opération d'interchange voisine la plus proche (NNI). Ensuite, une fraction aléatoire des séquences est supprimée du meilleur arbre trouvé jusqu'à présent. Les séquences supprimées sont ensuite ré-insérées dans l'arborescence plus petite à l'aide de l'algorithme important de Quartet Presszzling (IQP). Ces étapes sont répétées plusieurs fois et le meilleur arbre, par rapport au critère de vraisemblance, est considéré comme l'arbre phylogénétique inféré. De plus, nous suggérons une règle, qui indique quand arrêter la recherche. Caractéristiques principales: Les estimations de paramètres de modèle échouent dans des cas rares pour le modèle riche en paramètres Invar + Gamma Taux Hétérogénéité problème de compatibilité avec GCC 4.3.2 Bionj Tree est maintenant reconstruit à deux reprises des distances initiales et des distances de vraisemblance maximales corrigées

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