Honorable une méthode de calcul des distances conservatrices et non synonymes radicales
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Honorable Classement & Résumé

Honorable Mots clés

séquence Séquence d'ADN ADN panne radicale effet radical radical distances acide aminé Distances Tracker Taux de nonynonyme Trouver des distances patristiques distance non synonyme Classification des acides aminés distance nonsynonyme radicale Substitution non synonyme apprenant radical convertir les distances Distances de cartographie

Honorable La description

La nouvelle application HON-NOUVELLE a été conçue pour estimer les distances non synonymes conservatrices et radicales entre les séquences d'ADN codant de la protéine. La méthode est modifiée à partir de la méthode originale de Hughes, OTA et NEI (1990) en tenant compte du biais de transition. Trois types de classifications d'acides aminés (charge, polarité et celle de Miyata et de Yasunaga) sont fournies. On peut également définir des changements d'acides aminés conservateurs et radicaux. On peut définir des groupes d'acides aminés afin que les changements entre groupes soient radicaux et que les groupes sont conservateurs. Pour ce faire, créez un fichier nommé Self.Div. Dans ce fichier, la première ligne doit être les groupes d'acides aminés (par exemple, dans le cas de la charge, il existe trois groupes ), la deuxième ligne est le nombre d'acides aminés dans le premier groupe, un espace et les acides aminés du groupe. Le code d'une lettre d'acides aminés doit être utilisé. La ligne suivante sera l'information du deuxième groupe. Il suffit de saisir les informations des premiers groupes N-1, s'il existe N groupes au total, car le dernier groupe peut être dérivé des informations des premiers groupes N-1.

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