Gz-gamma Estimation du nombre prévu de substitutions à chaque site d'acides aminés
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Gz-gamma Classement & Résumé

Gz-gamma Mots clés

séquence estimation acide Séquence d'ADN Estimation du temps Titrage acide ADN police acide Estimation de la disparité Transaction acide Estimation du FDR Trouver l'acide aminé Finder d'acides aminés rechercher un acide aminé Analyseur d'acides aminés Séquence d'acides aminés acide aminé Traducteur d'acide aminé extraire l'acide aminé estimation de la performance Estimation de l'osmose solution acide résidus d'acides aminés acide aminé optimal Analyser l'acide aminé acide nucléique Numéro de substitution de compte analyser la paire d'acides aminés Analyse des paires d'acides aminés Grande estimation de la phylogénie Analyse de séquence d'acides aminés Analyser la séquence d'acides aminés Classification des acides aminés Topologie d'acides aminés Analyse d'aminoacide Relation phylogénétique Acide aminé Détecteur d'acides amino détecter l'acide amino-acide Estimation d'effort Analyser la chaîne d'acides aminés boucles acides attendu retour attendu pro acide acide pro 7

Gz-gamma La description

Gz-gamma a été développé pour estimer le nombre de substitutions attendu de chaque site d'acide aminé (nucléotide) et du paramètre de forme gamma pour la variation de vitesse entre les sites, en utilisant une combinaison d'inférence de séquence ancestrale et d'une estimation maximale de vraisemblance lorsque les relations phylogénétiques de ces Les séquences homologues sont connues. Ce paquet contient deux programmes: gz-aa.exe pour séquences d'acides aminés et gz-dna.exe pour les séquences d'ADN, qui sont codées en langage C. Pour utiliser le programme, vous avez besoin d'un fichier d'entrée contenant les séquences d'acide aminé (ou de nucléotide) et de la topologie des arbres de ces séquences (voir ATP6.AA pour un exemple). Ce fichier commence par deux chiffres: le nombre de séquences et le nombre de sites d'acide aminé ou de nucléotide (longueur de séquence). La deuxième ligne sera le nom de la première séquence et la troisième ligne sera la première séquence, etc. Chaque séquence devrait occuper une ligne sans interruption. Seules les lettres (capitalisées) pour les 20 acides aminés (ou 4 nucléotides) sont autorisées dans les séquences. Les lacunes ou tout autre symbole auraient déjà dû être supprimées. La dernière ligne du fichier est la topologie des arbres des séquences. Le format de l'arbre est le même que celui utilisé dans le package Phylip. Notez que l'arborescence est introduite, de sorte que la transition plutôt que la biification est requise pour le nud de ramification le plus profond.

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