Gedi-admx

Détection d'erreur de génotype et imputation pour les populations mélangées
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Gedi-admx Classement & Résumé

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  • Rating:
  • Licence:
  • Freeware
  • Nom de l'éditeur:
  • Bioinformatics Lab
  • Systèmes d'exploitation:
  • Windows All
  • Taille du fichier:
  • 7.3 MB

Gedi-admx Mots clés


Gedi-admx La description

Gedi-admx est une application construite pour gérer les données de génotype d'individus non liés. L'inférence sur l'ascendance locale utilise un HMM factoriel formé sur des haplotypes ancestraux pour imputer des génotypes dans tous les loci SNP tapé sous chaque ascendance locale possible. Gedi-admx attribue à chaque locus l'ancêtre locale qui donne la précision d'imputation la plus élevée, comme évaluée à l'aide d'un système de vote pondéré basé sur plusieurs fenêtres SNP centrées sur le locus d'intérêt. La détection des erreurs et l'imputation des génotypes manquants sur les SNPs dactylographiés sont effectuées en utilisant Les probabilités de génotype multilocus sont calculées sur la base du HMM factoriel correspondant à l'ascendance locale déduite. L'imputation des génotypes à chaque SNP non typée est effectuée sur la base des probabilités de génotype postérieure calculées à l'aide d'un HMM moqueur similaire Chant K (par défaut K = 10) Type des SNP avant et après le locus imputé. Le paquet Gedi-admx fournit des méthodes pour: · Inférence des ancêtres locales · Détection et correction des erreurs de génotype SNP · Imputation de génotypes manquants aux SNPs dactylographiés et · Imputation de génotypes à des SNP non typés.


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