Génétique Inférence des séquences de gènes ancestrales par la méthode bayésienne basée sur la distance
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Génétique Classement & Résumé

Génétique Mots clés

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Génétique La description

L'application ANC-GENE a été développée pour être un petit outil de ligne de commande pour infercer des séquences de nucléotides ancestrales de gènes de codage de protéines à partir d'un ensemble de séquences actuelles dont les relations phylogénétiques sont connues. Le programme prénère d'abord les acides aminés par la méthode bayésienne à distance, puis déduit les séquences nucléotidiques sous-jacentes en fixant les acides aminés inféré. Pour utiliser le programme, vous avez besoin d'un fichier d'entrée contenant les séquences d'ADN et la topologie de l'arborescence de ces séquences (voir RNASE.SEQ pour un exemple). Ce fichier commence avec deux nombres: le nombre de séquences et le nombre de nucléotides par séquence (longueur de séquence). La deuxième ligne sera le nom de la première séquence et la troisième ligne sera la première séquence, etc. Seuls un, T, C, G, A, T, C et G sont autorisés dans les séquences. Les séquences doivent être alignées et les lacunes ou tous les autres symboles sont supprimés. La dernière ligne du fichier est la topologie des arbres des séquences. Le format de l'arbre est identique à celui utilisé dans le paquet PHYLIP (Felsenstein 1995). Notez que l'arborescence est introduite, la triification plutôt que la négociation est requise pour le nud de ramification le plus profond.

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