Dotplot Outil d'analyse de la parcelle DOT
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Dotplot Classement & Résumé

Dotplot Mots clés

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Dotplot La description

Pour une satisfaction rapide, essayez de comparer deux séquences de sous-unité de récepteur de récepteurs nénotiniques nénotiniques neuronales de SwissProt enregistrées sous les noms de fichiers A2 et A3. L'interface est comme tout autre programme Windows. Utilisez le menu contextuel de fichier pour charger la séquence horizontale. Vous obtenez une boîte de dialogue répertoriant tous les fichiers du répertoire actuel. Sélectionnez A2, puis le programme donne une boîte de dialogue Seqinfo, qui vous indique un peu de la séquence que vous venez de charger. Son nom, la longueur, le format de séquence et si c'est l'ADN, l'ARN ou la protéine. Cliquez sur OK. Puis répétez la séquence verticale, choisissant A3. Comme dans la version MSDOS, il existe deux façons de calculer le dotplot décrit en détail ci-dessous. Pour une solution rapide, utilisez l'option IDÉtities dans le menu contextuel Dessin. Les paramètres par défaut sont une taille de fenêtre de 10 et un seuil de 6. Cela donne une ligne diagonale sur votre écran. Essayez de modifier le dotplot en cliquant sur Paramètres et en définissant le seuil sur 1. Pretty, n'est-ce pas? Vous pouvez même voir les trois régions transmembranaires au milieu de la protéine et le transmembranaire final au terminal C-terminal. Essayez de trouver les répétitions internes dans un récepteur de facteur de croissance épidermique humain. Pour ce faire, chargez la séquence appelée EGFR comme l'horizontale et la séquence verticale. Puis définissez les paramètres comme fenêtre = 20 et seuil = 1. Chargez la matrice de score PAM250.MAT à l'aide du menu contextuel de fichier "Ouvrir la matrice". L'application DOTPLOT a été développée pour être un outil d'analyse de tracé DOT.

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