Cmview Visualisation de la carte de contact facilitée.
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Cmview Classement & Résumé

Cmview Mots clés

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Cmview La description

CMView est une application de visualisation et d'analyse de carte interactive basée sur une carte de contact interactive, basée sur java. CMView est un outil logiciel permettant de visualiser et d'analyser le réseau de contacts entre résidus d'acides aminés dans une structure protéique. Formellement, ce réseau est un graphique où chaque résidu correspond à un nud et deux nuds sont reliés par un bord si et uniquement si les deux résidus sont en contact. Deux résidus sont considérés comme en contact si elles sont intermises spatialement dans la structure tridimensionnelle. Dans CMVVIEW, la définition du contact est spécifiée par deux parmieurs: le type de contact et la découpe de distance. Le type de contact définit un sous-ensemble d'atomes du résidu. Deux résidus I et J sont ensuite en contact si deux atomes de ce sous-ensemble, l'un de I et une de J, ne sont plus en dehors de la coupure de distance. La représentation du réseau de contact en tant que matrice (formellement, la matrice d'adjacence du graphe de contact) est appelée carte de contact. Caractéristiques principales: Combinaison de carte de contact et vue sur la structure 3D (à l'aide de PYMOL) Diverses options d'imp- et d'exportation: fichiers PDB, PDB en ligne, exportation d'images, format de prévision de CASP et autres Calcul des cartes de contact avec les définitions de contacts définies par l'utilisateur Intégration avec Pymol pour la visualisation moléculaire 3D riche en fonctionnalités Comparaison de la structure et de la carte de contact en utilisant une séquence intégrée ou des alignements structurels Plan de distance, carte de différence, analyse de densité de contact

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