Chimère UCSF Analysez toute votre structure moléculaire
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Chimère UCSF Classement & Résumé

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Chimère UCSF La description

UCSF Chimera a été spécialement conçu pour être un logiciel très extensible pouvant être utilisé pour une visualisation interactive et une analyse des structures moléculaires et des données connexes. Cela inclut des cartes de densité, des assemblages supramoléculaires, des alignements de séquence, des résultats d'accueil, des trajectoires et des ensembles conformationnels. Des images et des animations de haute qualité peuvent également être générées. UCSF ChIMera vous fournit plusieurs utilitaires, tels que l'enregistreur de film, l'animation, le diagramme de structure et la référence. Caractéristiques principales: Axes et avions: Les axes, les plans et les centroïdes peuvent être calculés à partir d'ensembles d'atomes à l'aide de l'outil Axes / Planes / Centroids ou la commande définissent. Les axes peuvent être représentés en tant que cylindres, avions comme des disques et des centroïdes comme des sphères, et l'une de ces celles-ci peut être utilisée dans des mesures de distance et d'angle. Par exemple, la figure montre le récepteur DOPAMINE D3 et l'inhibiteur lié (entrée PDB 3PBL) telle que modélisée dans la membrane dans la base de données OPM. Les plans des limites de la membrane interne et externe sont représentées comme des disques bleus et rouges transparents, respectivement. Le ruban protéique est coloré arc-en-ciel de bleu au n-terminus en rouge au terminal C-terminus et l'axe de chaque hélice est représenté comme un cylindre de couleur assortie. L'axe de l'hélice rouge forme un angle de 15,1 ° avec la membrane et atteint 3,5 Å de la limite intérieure. Les hélices jaune et orange sont presque antiparallèles (angle de croisement de 5,9 °). La distance moyenne (minimale, maximale) des atomes d'inhibiteur de la limite extérieure est de 7,9 (5.1, 11,7) Å. Volume Data: Voleur de volume de Chimera affiche des données à microscope à deux dimensions, des cartes de densité de rayons X, un potentiel électrostatique et d'autres données volumétriques. Les surfaces de contour, les maillages et les styles d'affichage volumétriques sont fournis et les seuils peuvent être modifiés de manière interactive. Les cartes peuvent être colorées, tranchées, segmentées et modifications peuvent être enregistrées. Les marqueurs peuvent être placés et les structures peuvent être tracées. L'image d'accompagnement montre une carte de densité du virus de Kelp Fly de la microscopie électronique colorée radialement et avec une découpe octeuse. B-Factor Coloriage: Une structure peut être colorée pour montrer des valeurs d'un attribut tel que l'atomique b-facteur. L'image comprend une surface moléculaire qui a été coupée et plafonnée, des étiquettes 2D et une clé de couleur. La zone de couleur a été utilisée pour colorer la section transversale plane de la surface (voir l'image HOWN-to). Ramachandran Terrain: Les angles dorsaux de protéines peuvent être représentés dans un parcelle de Ramachandran avec des contours de probabilité (lignes vertes) à partir d'un ensemble de références de structures bien déterminées. Chaque résidu d'acides aminés est représenté comme un point dans un graphique de vs., plus communément appelé terrain Ramachandran ou carte de Ramachandran. Les résidus sont représentés comme des points bleus ou lorsqu'ils sont sélectionnés, comme des points rouges. Dans l'exemple, tous les résidus d'hélice ont été sélectionnés. Inversement, en cliquant sur un point dans l'intrigue sélectionnera le résidu correspondant dans la structure. Lorsque l'intrigue a la mise au point de la souris, la position du curseur (x = , y = ) est signalée sous la parcelle. ellipsoïdes thermiques: Les facteurs B anisotrope peuvent être représentés comme des ellipsoïdes, avec des axes ellipsoïdes et des rayons de rayon représentant les valeurs propres et les valeurs propres de la matrice de déplacement de carré moyen atomique. Les facteurs B anisotropes sont lus à partir du fichier de coordonnées d'entrée (par exemple, des enregistrements d'ANISOU dans un fichier PDB) et peuvent être affichés avec l'outil ellipsoïdes thermiques ou la commande aniso. La figure montre des ellipsoïdes à l'échelle pour encercler 50% de probabilité pour les atomes heme et les atomes à proximité de l'entrée de PDB 1A6m. Screening Molécules amarrées: Le quai du programme calcule les orientations de liaison possibles, compte tenu des structures de molécules "ligand" et "récepteurs". En règle générale, une vaste base de données de structures de petites molécules est recherchée par des composés pouvant lier le récepteur. L'extension de Chimera ViewDock facilite la sélection interactive de composés prometteurs à partir de la sortie du quai. Les molécules peuvent être visualisées dans le contexte du site de liaison et éventuellement, projetées par le nombre de liaisons d'hydrogène au récepteur. L'extension de préparation du quai prépare un récepteur d'entrée dans un programme d'accueil en ajoutant des hydrogènes, attribuant des charges partielles et effectuant d'autres tâches associées. Annotations de Uniprot: PDB / Uniprot Info récupère des annotations de séquence et de structure pour les entrées de la Banque de données de protéines (PDB) à l'aide d'un service Web fourni par le PDB de la RCSB. Les séquences sont affichées dans Viewer MultaLign et les annotations de fonctionnalités de Uniprot sont mappées sur les séquences comme régions ou boîtiers de couleur. Dans le navigateur de la région Coloriage par conservation: Une structure peut être colorée pour montrer des valeurs d'un attribut telles que la conservation des résidus. L'ouverture d'un alignement de séquence dans Chimera l'affiche automatiquement dans Viewer MultaLign et l'associe à toutes les structures similaires (quelques intercalcratures de résidu sont autorisées). Une variété de mesures de conservation peut être calculée. L'image a été créée à l'aide de l'alignement de la graine PFAM carb_anhydrase PF00194_SEED.SLX et comprend une clé de couleur et des étiquettes 2D. Affichage du plan de volume Les données de volume peuvent être affichées un seul plan (ou dalle) à la fois avec la fonctionnalité Plans dans Volume Viewer. L'affichage du plan peut être réglé sur osciller le long de l'axe X, Y ou Z, ou l'emplacement du plan peut être spécifié de manière interactive avec un curseur. Rotamers: acides aminés Sidechains adopte différents états de conformation ou rotatifs. Les rotaments de la bibliothèque dépendante de la colonne vertébrale Dunbrack ou de la bibliothèque de "avant-dernière" Richardson peuvent être visualisées, évaluées et incorporées dans des structures avec l'outil Rotamers. Un résidu peut être transformé en une conforme différente du même type d'acide aminé ou muté dans un type différent. Les angles de torsion des rotateurs et les valeurs de probabilité de bibliothèque sont répertoriées dans une boîte de dialogue, ainsi que (éventuellement) des liaisons d'hydrogène, des affrontements et un accord avec des données de densité d'électrons. Seuls les rotaments choisis dans la liste sont affichés. Lorsqu'un rotamère unique est choisi, il peut être incorporé dans la structure. L'image comprend des étiquettes 2D. Analyse axée sur l'utilisateur: Les utilisateurs peuvent facilement importer des données liées à la structure dans Chimera sous forme d'attributs ou de valeurs associées à des atomes, résidus ou modèles. Les données peuvent être importées avec une attribution définie puis représenté visuellement avec des plages de couleurs, des rayons atomiques ou une épaisseur "ver". Ces données peuvent également être manipulées par programmation à Chimera et, en fait, Chimera a été conçu avec une extensibilité et une programmabilité à l'esprit. Il est largement mis en uvre dans Python, avec certaines caractéristiques codées en C ++ pour une efficacité. Python est une langue interprétée facile à apprendre avec des fonctionnalités orientées objet. Toutes les fonctionnalités de Chimera sont accessibles via Python et les utilisateurs peuvent mettre en uvre leurs propres algorithmes et extensions sans aucun changement de code chimère, de sorte que de telles extensions personnalisées continueront de travailler sur des versions de chimère. De nombreux exemples de programmation sont fournis pour aider les rédacteurs d'extension. Morphing Densité Cartes: Les cartes de densité liées peuvent être comparées en se transformant en l'une à l'autre. Plusieurs cartes intermédiaires sont générées en interpolant entre les cartes de départ et de fin. La morphèque peut être visualisée de manière interactive et enregistrée comme film. Le niveau de contour peut être ajusté automatiquement pour maintenir la constante de volume fermée dans tout le morphique, et d'autres aspects de l'affichage de la carte peuvent être ajustés avec Volteur Viewer. Coloriage par densité: une surface peut être colorée par densité ou autre données de volume. Dans l'image, la surface est coupée et plafonnée, et seule le capuchon est coloré par densité. Différents schémas de coloration peuvent être appliqués. Structures de superposition: Il existe plusieurs façons de superposer des structures de Chimera: Matchmaker effectue un ajustement après avoir identifié automatiquement les résidus doivent être jumelés. Le couplage utilise à la fois une séquence et une structure secondaire, permettant ainsi de superposer des structures similaires, même lorsque leur similarité de séquence est faible à indétectable. La figure montre cinq protéines distantes liées (identités de séquence par paires

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