Phylip un paquet de programmes pour inférer des phylogénies
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Phylip Classement & Résumé

Phylip Mots clés

arbre évolutif parcimonie phylogénie

Phylip La description

Le paquet d'inférence de phylogénie (PHYLIP) est un ensemble de programmes destinés à inferrir des arbres évolutifs (phylogénie). Les méthodes disponibles dans l'emballage incluent le parcimonie, la matrice de distance et les méthodes de vraisemblance, y compris la bootstressage et les arbres consensus. Les types de données pouvant être traités comprennent les séquences moléculaires, les fréquences de gènes, les sites de restriction et les fragments, les matrices de distance et les caractères distincts. Les programmes sont contrôlés via un menu, qui demande aux utilisateurs que les options qu'ils souhaitent définir et leur permettent de démarrer le calcul. Les données sont lues dans le programme à partir d'un fichier texte, que l'utilisateur peut préparer avec n'importe quel processeur de texte ou éditeur de texte (mais il est important que ce fichier texte ne soit pas au format spécial de ce processeur de texte - il devrait plutôt être dans "plat ASCII" ou "texte uniquement"). Certains programmes d'analyse de séquence telles que le programme d'alignement de la Clustalw peuvent écrire des fichiers de données dans le format PHYLIP. La plupart des programmes recherchent les données dans un fichier appelé "infileur" - s'ils ne trouvent pas ce fichier, ils demandent ensuite à l'utilisateur de saisir le nom de fichier du fichier de données. La sortie est écrite sur des fichiers spéciaux avec des noms tels que "Outfile" et "Outtree". Les arbres écrites sur "Outtree" sont au format Newick, une norme informelle convenue en 1986 par des auteurs d'un certain nombre de forfaits de phylogénie majeurs. Obtenez PHYLIP et essayez d'évaluer pleinement ses capacités!

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