Chargeur de base de données WPDB Analyser la structure 3D de macromolécules biologiques rapidement et facilement.
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Chargeur de base de données WPDB Classement & Résumé

Chargeur de base de données WPDB Mots clés

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Chargeur de base de données WPDB La description

Le chargeur de base de données WPDB est un outil pratique et facile à utiliser spécialement conçu pour vous aider à interroger la structure en 3 dimensions de macromolécules biologiques, comme indiqué dans la banque de données protéique (PDB) à l'aide d'outils de requête et d'affichage tels que ceux présentés ci-dessus. Caractéristiques principales: Scientific: Trouvez des structures basées sur des recherches de texte et de séquences (incompatibles autorisées). alignement de la séquence d'une séquence de registre contre plusieurs séquences cibles en fonction de la méthode d'aiguille et de Wunsch (JMB 48 (3): 443-453, 1970). Structure Superposition Utilisation de Positions Calpha selon la méthode de Hendrickson (ACTA CRYSTA35: 158-163, 1979. assignations de structure secondaire selon la méthode de Kabsch et de Sander. Analyse du profil d'immobilisations d'acides aminés, statique et dynamique: statique en fonction des valeurs compilées par Bogardt et al.; Exposition dynamique, moyenne moyenne selon Lee et Richards (JMB 55: 379-400, 1971) et des Facteurs de Be expérimental FactSprofiles pour une seule chaîne de polypeptide ou des profils de différence pour deux chaînes polypeptidiques alignées peuvent être examinées. Contact Analyse de la carte à différentes distances de coupure et avec différents groupes ATOM dans des structures de contact ou des structures superposées (cartes de contact de différence) peuvent être examinées. Visualisation et rendu typiques de 3-D, y compris des options pour afficher ou mettre en surbrillance les sous-structures, la représentation CPK, la chaîne stéréo et les surfaces simples (colorées à la distance de l'utilisateur). Calcul de géométrie (longueurs de liaison, angles de liaison, angles dièdaux, contacts fermés non liés), y compris la représentation graphique et les écarts des distances de petites molécules. Informatique: Compression de données - environ une réduction de 20 fois de stockage sur la distribution de fichiers PDB ASCII, mais avec: (i) des informations bibliographiques limitées aux enregistrements de l'auteur et de la JRNL; (ii) éventuellement le premier ou tous les membres d'un ensemble de RMN ou de structures de modèle incluses; (iii) seule la première conformation alternative définie dans le fichier PDB pour des parties d'une structure cristalline avec des occupations partielles; (iv) les coordonnées atomiques arrondies à 2 et non 3 décimales; (v) Aucun point de remarque PDB. des objets d'affichage interopérables - Lorsqu'une fonctionnalité est sélectionnée dans un objet d'affichage (carte de contact E.ga), tous les autres objets d'affichage visibles (spectateur E.G3-D) et ceux invoqués ensuite, sont également mis à jour pour illustrer cette fonctionnalité . accès direct à Raswin le programme d'affichage moléculaire populaire. documentation imprimée synchronisée et aide sensible au contexte créée à l'aide du package DOCTOHELP.

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