Bn-bs Estimation des longueurs de branche en termes de substitutions synonymes et non synonymes
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Bn-bs Classement & Résumé

Bn-bs Mots clés

Estimation estimation Direction Consolidation Bureau branche stratégie de succursale Branche ActiveX Comparaison de la branche Taux de nonynonyme distance synonyme distance non synonyme distance nonsynonyme radicale Substitution synonyme Substitution non synonyme Estimation de la longueur de la branche Longueur de la branche Nom de la branche de code Branche de code branche de la bibliothèque accès à la branche synonyme

Bn-bs La description

L'application BN-BS a été développée pour estimer des longueurs de branche en termes de substitutions synonymes et non synonymes par site, tandis que la topologie des arbres est donnée. Le programme utilise la méthode NEI-GOJOBORI modifiée pour estimer des distances actuelles et non synonymes parmi les séquences actuelles, puis estime les longueurs de branche et leurs variances en utilisant la méthode ordinaire des moindres carrés. Pour utiliser le programme, vous avez besoin d'un fichier d'entrée contenant les séquences d'ADN codant en protéines (voir l'infile pour un exemple). Ce fichier commence avec deux nombres: le nombre de séquences et le nombre de nucléotides par séquence (longueur de séquence). La deuxième ligne sera le nom de la première séquence et la troisième ligne sera la première séquence, etc. Seuls A, G, C, T, A, G, C et T sont autorisés dans des séquences. Les lacunes doivent être supprimées et les séquences doivent être alignées à l'avance. La dernière ligne du fichier est la topologie des arbres des séquences. Le format de l'arbre est identique à celui utilisé dans le paquet PHYLIP (Felsenstein 1995). Notez que l'arborescence est introduite, de sorte que la transition plutôt que la biification est requise pour le nud de ramification le plus profond.

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