Bambino Afficher les fichiers BAM avec cet outil.
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Bambino Classement & Résumé

Bambino Mots clés

téléspectateur voir afficher BAM API Visualizer de données BAM Visualiser les données BAM BAM Data Viewer Données BAM voir le fichier BAM Analyser BAM File Détecter le fichier de séquençage BAM

Bambino La description

Bambino est une petite application simple spécialement conçue pour offrir aux utilisateurs un visualiseur graphique et un détecteur SNP / Indel pour les fichiers de séquençage de nouvelle génération au format SAM / BAM. Le téléspectateur post-traite des alignements BAM non traités pour créer une vue entièrement rembourrée de l'assemblage, permettant une visualisation complète des insertions. Caractéristiques principales: détecte les SNP, les insertions et les suppressions directement des fichiers BAM à l'aide d'un processus configurable. Cela peut être exécuté à partir de la ligne de commande (voir la documentation de Bam Utilities) ou de manière interactive de l'observateur. peut contenir de manière dynamique des données de plusieurs fichiers BAM: afficher et analyser les données des paires de tumeurs / normales, de plusieurs plateformes ou même des plates-formes. Le détecteur de variante profite également de la mise en commun, produisant une sortie appropriée pour la détection de mutation somatique. réconcilie tous les indtels dans l'ensemble de données dans un alignement unifié et rembourré avec la séquence de référence, le remplissage des lectures et la référence si nécessaire. Bien que la spécification SAM / BAM permet des alignements rembourrés, la plupart des fichiers BAM contiennent des données de mappage de lecture non pompées. Bambino convertit essentiellement ces alignements non pavés en cadded. Ce post-traitement fournit une vue complète et unifiée de l'Assemblée, même des lectures ayant différentes tailles Indel au même endroit. Ceci est utile pour visualiser des fonctionnalités telles que les HTP et le débogage des alignements produits par des programmes de cartographie de lecture. affiche des mappages de sites SNP DBSNP et de séquences de protéines de référence, utilisant les annotations de génome UCSC. La connexion de base de données est configurable; Il peut charger des fonctionnalités de différentes bases de données et / ou génomeses, et peut utiliser le serveur de base de données MySQL USQL UCSC ou un miroir local que vous fournissez. calcule les changements de codage des protéines causés par SNPS dans NCBI Refsqs peut afficher des lectures sur la séquence de référence finie (les formats actuellement UCSC .2bit et .nib sont pris en charge) ou un consensus généré à partir de la source .BAM Data

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