Bamarray Analyse bayésienne de la variance pour les puces
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Bamarray Classement & Résumé

Bamarray Mots clés

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Bamarray La description

Bamarray est une application avancée et professionnelle qui implémente la BAM Tehcnique. BAM est une nouvelle technique statistique permettant de détecter de manière différentielle des gènes à partir de données de micropuce. Au cur de la méthode est un type spécial de technique de détection de signal qui écrase un faux signal tout en laissant seul le signal réel. Les méthodes standard recherchent des gènes en s'appuyant sur des statistiques de test élémentaire à l'aide de données d'un gène à la fois (telles que des tests en T ou des contrastes des modèles ANOVA). Les listes de gènes sont obtenues en filtrant des statistiques en essayant de contrôler l'erreur de type-I globale, ou de la fausse vitesse de découverte, ou en filtrant à l'aide d'un niveau de coupure spécifié par l'utilisateur. Bam prend une approche fondamentalement différente et se concentre plutôt sur l'estimation de l'effet différentiel d'un gène en synthétisant simultanément tous les gènes. Plutôt que de filtrer les gènes, des effets estimés sont mappés dans les types de motifs. Le mécanisme de détection de signal spécial de BAM rétrécit à zéro effets estimés pour que les gènes n'expriment pas différentiellement et, par conséquent, des schémas d'intérêt deviennent très interprétables à l'aide d'outils de visualisation graphiques. Les modèles d'intérêt peuvent être des gènes «Hit-and-Run» qui affectent un système biologique pour une certaine quantité de temps, ou des gènes impliqués tout au long du processus. BAM s'applique aux conceptions expérimentales multiigroupes, telles que des données collectées sur différentes étapes d'une maladie. Les autres applications incluent le profil de temps d'expression de gènes pour les données de cours de temps, la détection des points de vue de l'invariant, la normalisation de l'invariant, les mappages de transcriptome de gène Atlas, ainsi que de nombreux autres problèmes. Caractéristiques principales: Bamarray est une application Java conviviale qui fonctionne sur différents systèmes d'exploitation. Bamarray peut également être exécuté sans surveillance en mode batch initié par un fichier de script. Le mode BATCH peut traiter plusieurs fichiers de données séquentiellement et enregistrer l'analyse résultante sur le disque. Écrire des scripts conçus sur mesure permettent aux utilisateurs d'interfacer avec différents types de logiciels, tels que Bioconducteur et R. Bamarray dispose d'une fonction d'exécution permettant aux utilisateurs de sauvegarder les résultats d'une course pour une récupération ultérieure. Une exécution pouvant prendre des minutes à exécuter peut être restaurée en seulement quelques secondes à l'aide de la restauration. Enregistrer la course peut également être déclenché en mode batch. Designs expérimentales avec des groupes illimités sont logés. Les parcelles de visualisation sont disponibles pour identifier des types spécifiques de motifs de gènes. Bamarray classe automatiquement les gènes dans les modèles de gènes. Bamarray est presque automatique et exempt de paramètres de réglage compliqués. La plupart des méthodes statistiques nécessitent une valeur de filtrage spécifiée par l'utilisateur pour identifier des gènes significatifs. Bamarray fournit une valeur automatisée. Les variances inégales entre gènes et groupes expérimentaux sont systématiquement gérées par une étape de pré-traitement automatisée qui ne freine pas artificiellement ni amplifier les différences de groupe entre les gènes (comme on le voit avec d'autres transformations, telles que les logarithmes). Les outils graphiques utilisant le zoom-in et la lassoing permettent aux utilisateurs de générer de manière interactive des listes de gènes. Les étiquettes de gènes peuvent être basculées sur ou hors des gènes d'intérêt à être identifiées. Des gènes spécifiques peuvent être mis en évidence à l'aide d'une liste déroulante ou en remplissant une liste de suivi des étiquettes de gènes trouvées dans un fichier existant. Les listes de gènes peuvent être exportées. Les listes d'exportation peuvent être automatisées en mode batch. Les chiffres peuvent être enregistrés comme des graphiques de couleur de qualité de la publication. Les parcelles pour tester les hypothèses sous-jacentes du modèle sont incluses dans le cadre de la suite graphique. prend en charge JRE 6.

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