Ancêtre Inférence des séquences d'acides aminés ancestrales par la méthode Bayessiane à distance
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Ancêtre Classement & Résumé

Ancêtre Mots clés

séquence Bayésien moteur d'inférence Système d'inférence fuzzy Trouver l'acide aminé Finder d'acides aminés rechercher un acide aminé Analyseur d'acides aminés Séquence d'acides aminés acide aminé Traducteur d'acide aminé problème d'inférence extraire l'acide aminé inférence variationnelle Éditeur de réseau bayésien Modifier le réseau bayésien inférence inférence d'haplotype Inference outil phylogénétique Analisie bayésienne Méthode de la méthode bayésienne Méthode bayésienne résidus d'acides aminés Analyse basée sur la distance acide aminé optimal inférence de phylogénie Groupe de gènes ancestral Gene ancestral Analyser l'acide aminé analyser la paire d'acides aminés Analyse des paires d'acides aminés Grande inférence de phylogénie Analyse de séquence d'acides aminés Analyser la séquence d'acides aminés Classification des acides aminés Topologie d'acides aminés Topologie des arbres Détecteur d'acides amino détecter l'acide amino-acide Analyser la chaîne d'acides aminés ancestral

Ancêtre La description

L'application ancêtre a été conçue pour déduire des séquences d'acides aminés ancestrales à partir d'un ensemble de séquences d'acides aminés homologues dont les relations phylogénétiques sont connues. Ce paquet contient un programme: Ancestor.exe, qui est écrit en langage C. Pour utiliser le programme, vous avez besoin d'un fichier d'entrée contenant les séquences d'acides aminés et la topologie des arbres de ces séquences (voir Lysozyme.aa pour un exemple). Ce fichier commence par deux chiffres: le nombre de séquences et le nombre de sites d'acides aminés (longueur de séquence). La deuxième ligne sera le nom de la première séquence et la troisième ligne sera la première séquence, etc. Seul le code d'une lettre (capitalisé) pour les 20 acides aminés est autorisé dans les séquences. Les séquences doivent être alignées et des lacunes ou tout autre symbole déjà supprimé. La dernière ligne du fichier est la topologie des arbres des séquences. Le format de l'arbre est identique à celui utilisé dans le paquet PHYLIP (Felsenstein 1995). Notez que l'arborescence est introduite, de sorte que la transition plutôt que la biification est requise pour le nud de ramification le plus profond.

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