Workbench de biologie des systèmes Cadre libre, open source et simple pour les applications inter-communications
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Workbench de biologie des systèmes Classement & Résumé

Workbench de biologie des systèmes Mots clés

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Workbench de biologie des systèmes La description

Cadre libre, open source et simple pour la demande inter-communications Systems Biology Workbench (SBW), est un cadre logiciel qui permet aux composants d'applications hétérogènes -writts dans divers langages de programmation et d'exécuter différentes plates-formes - pour communiquer et utiliser les capacités de chacun via un système de messagerie codé binaire rapide. L'objectif de Workbench de la biologie des systèmes est de créer une infrastructure logicielle open source simple et performante, facile à mettre en uvre et à comprendre. SBW permet aux applications (éventuellement en cours d'exécution sur des ordinateurs distincts et distribués) pour communiquer via un simple protocole réseau. Les interfaces au système sont encapsulées dans des bibliothèques côté client que nous fournissons à différentes langues de programmation.SBW consiste en deux composants, un courtier pour les messages de routage et les modules qui envoient et reçoivent des messages. Toutes les connexions entre modules et courtier sont via des prises TCP / IP standard. Tous les messages sont transmis dans un format binaire pour une performance maximale. Si un message doit être envoyé entre deux ordinateurs différents, les messages sont envoyés d'abord au courtier sur la machine distante, ceci en issue le message vers le module distant correct.Modules. Peut être écrit dans une variété de langues, y compris, C / C, Java, Perl, Python, Delphi et Matlab.Note: SBW est publié sous licence BSD. Quoi de neuf dans cette version: Analyse de la conservation: · Réécrivez l'outil d'analyse de la conservation, donnant une meilleure performance et une meilleure fiabilité Module de Clapack: · Réécrivez le module de Clapack pour une meilleure performance et une meilleure fiabilité C # Inspecteur: · Autoriser la saisie de tableaux complexes spécifiant des nombres complexes en utilisant le format: '(' + '' + ')' · Améliorations avec routage et optimisation des exceptions de l'interface utilisateur Structanalyse UI: · Corrections mineures pour traiter avec SBML non valide Jarnac: · Manipulation de la région fixe des nombres · Permettre le chargement de SBML directement dans l'éditeur avec la traduction automatique de Jarnac. · Fonction de tranche supplémentaire (matrice, inférieurIndex, UTTRUNINDEX) pour que cela permet de prolonger les lignes d'une matrice. · Ajout de la fonction TimesLice (M, LowerTime, Uppertime), ceci a été ajouté pour prendre en charge les nouvelles fonctions de simulation stochastiques et permet à un utilisateur d'extraire des données d'une simulation stochastique entre deux points de temps. Les données doivent être générées à partir de l'un des appels de simulation Gillxxxx. La fonction suppose que la première colonne des données est la variable temporelle. · Ajout d'un certain nombre de nouvelles fonctions pour appeler le module Gilldm à SBW. Ce permis · Accès à un simulateur stochastique plus rapide et complètement testé, de nouvelles méthodes comprennent: gillloadsbml (SBMLSTR): par exemple gillloadsbml (p.xml) Gillsimulate (Starttime, Endtime, Période de périphérie): Set Période Saisissez-la pour obtenir toutes les données GillsImulatongRid (Starttime, Entittime. Gridsize) GillsimulatemeanongRid (Starttime, Mintérieur, Gridsidse, Populations): simule une population de pistes sur une grille et retourne la trajectoire moyenne. GillsimulatemeanandsDongrid (Starttime, Endtime, Gridsidise, Populations): Même chose que précédent, sauf qu'il renvoie également l'écart type au fil du temps pour chaque espèce. SETSEED (GRAINE): Définissez la graine de numéro aléatoire, permet de répéter exactement les courses. (Les graines doivent être une valeur entière). · Correction d'un bogue dans l'accès au menu SBW. · Ajout de la fonction PDF (m). Cela calculera la fonction de densité de probabilité pour le vecteur de données fournies dans la fonction. · Ajout de graphiste (m), c'est la même chose que le graphique, mais plutôt un histogramme plutôt qu'un graphe de ligne.

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