Phylosort solution open source qui vous permettra de trier les arbres phylogénétiques
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Phylosort Classement & Résumé

Phylosort Mots clés

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Phylosort La description

Solution open source qui vous permettra de trier les arbres phylogénétiques Phylosort est un outil Java open source qui vous permettra de trier les arbres phylogénétiques en recherchant des sous-arbres spécifiés par l'utilisateur contenant un groupe monophylétique d'intérêt défini par des unités taxonomiques opérationnelles (OTUS) .phylosort propose deux modes de recherche, inclus (par défaut) et exclusifs. : · En mode exclusif, tout taxa du ou des groupes de requêtes existent dans l'arborescence, devra être localisé dans la clade monophylétique afin de se qualifier et de considérer l'arborescence comme un arbre de correspondance. · En mode inclusif. , la restriction du mode exclusif est détendue de sorte qu'une clade monophylétique «qualificative» soit acceptée, qu'il s'agisse d'un taxa supplémentaire du taxa de requête située ailleurs dans l'arbre à l'extérieur de celle-ci. Voici quelques caractéristiques essentielles de "phyloort": · Recherche de relations monophylétiques entre groupes de taxons. · Filtrage par des valeurs de support bootstrap associées aux clades monophiles. · Filtrage par complexité des arbres (nombre de taxons dans un arbre). · Filtrage par la complexité familiale (nombre de gènes par taxon dans un arbre). · Arbres de regroupement (gènes) dans des grappes d'arbres (familles de gènes). · Regroupement d'OTUS à l'aide d'un arbre de référence de taxonomie. · Mise en uvre propre et réutilisable de procédures communes pour manipuler la structure de données d'arborescence telle que Newick analyse, traverse arborescente et perrootation. · Visualiser la topologie des arbres à l'aide d'une visionneuse d'arbres (VTT).

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