Novocraft une série de programmes conçus pour un alignement précis et à grande vitesse de lecture courte aux génomes de référence.
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Novocraft La description

Une série de programmes conçus pour un alignement précis et à grande vitesse de lectures courtes aux génomes de référence. NovoCraft est un package fournissant une série de programmes conçus pour un alignement précis et à grande vitesse de lectures courtes aux génomes de référence. Les nouvelles fonctionnalités incluent l'utilisation de qualités de base dans les lectures et les codes de nucléotides ambigus dans les séquences de référence pour l'alignement. Voici quelques caractéristiques essentielles de "novocraft": Novoalign - Notre aligneur pour une extrémité simple et jumelée Lectures courtes: · Prise en charge des fichiers d'entrée gzippés (version commerciale uniquement, demandez une licence d'essai ici.) · Option de décapage de l'adaptateur 5 '(version commerciale uniquement) · Multi-threadé pour des performances supplémentaires (version commerciale uniquement) · Alignement des aiguilles d'aide à l'indice complet avec les sanctions de l'affinication de l'affine et la notation de la qualité · Qualités de notation de style PHRED et d'alignement · Novoalign est également capable de fournir un soutien au processus d'alignement itératif. · Génome indexé chargé dans la mémoire partagée pour la réutilisation du multitraitement · Peut utiliser FASTA, FASTQ, SOLEXA FASTQ, Formats d'entrée PRB. · Pour des lectures avec plusieurs bons alignements peuvent signaler: aucun; un par sélection aléatoire; ou tous les alignements. · Aussi une option de signaler tous les alignements jusqu'à un score maximum PHRED P (R | AI) · Probabilité d'alignement postérieur (score de qualité) et filtre. · Soutient un masquage en minuscule du génome. · Prend en charge des longueurs de lecture variables · Établissement de l'adaptateur pour les petites lectures d'ARN · Coupure de lecture itérative · Intégration avec MAQ en utilisant 'Novo2maq' · Niveau d'exploitation complet-Wunsch aux deux extrémités. Les deux extrémités peuvent avoir des lacunes. · Accepte une pénalité de variation structurelle et le meilleur alignement peut être deux extrémités indépendantes si le score total avec la pénalité SV est meilleur que la meilleure paire qui correspond à la distribution de la longueur du fragment. · Taille initiale de la longueur du fragment entré en tant que déviation moyenne et écart type. Après cela, le programme apprend des longueurs de fragments réels de paires de haute qualité, ajustement progressivement la répartition de la longueur des fragments et des pénalités pour correspondre aux alignements réels. · Cet aligneur ne convient pas aux lectures de 454 ou d'abi solide. NovoBarcode (bêta) - NovoBarCode Classifie Lit selon les balises "Barcode": · La classification utilise des valeurs de qualité de base. · La classe de classe PRB, FASTA ou FASTQ peut-elle se lit. · Chance de classifier une extrémité simple ou des lectures de fin couplées. Novo2maq - Un utilitaire de conversion pour convertir des rapports Novoalign en format MAQ Carte: · Cet outil est basé sur le code source MAQ et fourni en fichiers source. Il permet d'utiliser des utilitaires Maq pour le traitement des alignements post-alignement. · Novoindex - NovoNindex crée un index K-MER d'un ensemble de séquences de référence qui sont ensuite la cible des programmes d'alignement. · La séquence de référence est codée 4 bits par base dans l'index. La structure d'index conserve et des index redondants, jusqu'à deux codes ambigus d'IUB par k-mer. Ceci est particulièrement utile dans certains génomes végétaux et microbiens qui ont une proportion importante de codes NA ambiguës. · Une option de masquage minuscule limite l'indexation K-MER aux codes NA majuscules. Les alignements, en particulier la fin jumelé, peuvent s'étendre dans des régions minuscules. · Lorsque l'utilisation de la mémoire est critique, l'index peut sauter des k-Mers sans impact sur la sensibilité d'alignement. Par exemple, il est possible d'indexer uniquement tous les 5ème 14-mer. Cela permet à un index du génome humain d'être construit en 6 Go ou moins de RAM. (K = 14, S = 3) · La sensibilité et la spécificité des programmes d'alignement ne sont pas affectées par la longueur de l'indice K-MER. Quoi de neuf dans cette version: · Une précision améliorée des scores de qualité pour des lectures de fin appariées.

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