CLC Genomics Workbench Téléchargement, téléchargement de CLC Genomics Workbench sur téléchargement de logiciel

vous permet d'analyser et de visualiser la prochaine génération des données de séquençage. CLC génomique Workbench notre nouvelle solution pour l'analyse et la visualisation des données de séquençage de nouvelle génération. CLC Genomics Workbench intègre une technologie de pointe et des algorithmes, tout en soutenant et en intégrant avec le reste de votre typique NGS workflow.CLC génomique Workbench est très rapide et vous permet de faire l'assemblage référence des génomes de toute taille - la seule limite est le montant de RAM sur la machine exécutant le logiciel. CLC génomique Workbench est également capable de soutenir la détection SNP, l'assemblage de novo et un grand nombre d'analyses en aval. Voici quelques caractéristiques principales de « CLC Genomics Workbench »: · De l'assemblage de novo Sanger, 454, Illumina Genome Analyzer, Helicos, et les données SOLIDES. · Référence assemblage de Sanger, 454, Illumina Genome Analyzer, Helicos, et les données de séquençage solide. · L'assemblage d'ensembles de données de référence mixtes (par exemple 454 et Illumina Genome Analyzer). · Montage de référence des génomes de toute taille. · Assemblage de données de lecture standard et support pour l'assemblage des extrémités appariées lit / paire mate lit d'une technologie de séquençage. · Les outils graphiques avancés pour la détection de grandes mutations à l'échelle et réarrangements. · Un seul lit - la couverture et les conflits. · Conciliables extrémités lit - présentation graphique. · Appariés extrémités lit - insertions et suppressions. · Appariés extrémités lit - duplications et inversions. · Prise en charge de séquençage multiplex par nom de fichier. · Prise en charge pour le séquençage multiplex par étiquette spécifique à l'échantillon. · L'assemblage de masquage de référence sur la base des annotations comme par exemple exons. · Intégration avec les solutions informatiques de haute performance de CLC bio, ce qui rend les assemblées très rapide. · Interactif et zoom-mesure visualisation des assemblages du génome, y compris le séquençage lit, des données de qualité, et des séquences de référence. L'intégration complète des téléspectateurs avec les analyses en aval. · Rapports de la qualité et des statistiques sur les données brutes. · Cet assistant est utilisé pour traiter les données de séquences marquées parallèles. L'utilisation d'échantillons étiquetés peut augmenter considérablement le débit de séquençage de séquenceurs de nouvelle génération . L'analyse de cet échantillon de données mixte est effectuée par le génomique Workbench. · Matthias Meyer, Udo Stenzel et Michael Hofreiter, "séquençage parallèle étiquetée sur la plate-forme 454", Nature Protocols 3, - 267 - 278 (2008) · Cet assistant est utilisé pour traiter les données de séquences marquées parallèles. · Filtrage et coupe de lectures. · Détection avancée SNP. · Les rapports de SNP. · Prise en charge de l'intégration avec la base de données CLC bio-informatique. Exigences: · 256 Mo de RAM nécessaire. · 2 Go de RAM recommandée. · 1024 x 768 affichage recommandé. · Visualisation 3D nécessite un pilote graphique OpenGL 3D (inclus avec presque toutes les cartes graphiques). · Assemblage et analyse des génomes jusqu'à 10 méga-bases: 2 GB RAM requise; 4 Go de RAM recommandée. · Assemblée et analyse des génomes plus grands: 2 Go de RAM nécessaire; 8 Go de RAM recommandée. · 64 bits ordinateur et système d'exploitation recommandé pour plus de 2 Go de RAM. Limites: · Période d'essai de 30 jours. Quoi de neuf dans cette version: · Alignement global longtemps lit lors de l'exécution algorithme de montage de référence · Gapped alignement d'espace de couleurs lors de l'exécution assemblage référence · Amélioration significative la vitesse de toutes les opérations avec de grands ensembles de données analyse ARN-Seq: · Optimisation des performances: Une course de 44 millions lit contre le génome de la souris prend maintenant 32 minutes sur un ordinateur huit curs avec 32 Go de RAM. Cette habitude d'être plus de deux heures. Avec la version précédente, beaucoup de petits fichiers temporaires ont été créés et supprimés, et cela a pris beaucoup de temps et impacté la réactivité générale du comupter. En comparaison, seule une petite fraction des fichiers temporaires sont créés avec la nouvelle version. · Nouvelle option pour spécifier exon chevauchement minimal requis de recouvrant une jonction se lit exon-exon. Lire la suite... · Un nouveau rapport ARN-Seq qui donne aperçu statistique du processus d'assemblage. Lire la suite... · Table Résultat nombre de rapports exon-exon- et de la jonction intron-exon Spanning se lit maintenant. · Table Résultat indique maintenant l'emplacement chromosomique des gènes. Lire la suite... · Visualisation du lit que les jonctions exon-exon durée. Lire la suite... · Reads la cartographie aussi bien aux limites introns-exons et exon-exon sont maintenant identifiés comme Spanning exon-exon unique, lit. · RPKM est mieux défini dans le manuel utilisateur. Lire la suite... · Réglage par défaut pour le multi-coups est maintenant 10 comme dans le document Mortazavi Lire la suite ... · Lit très court sont maintenant assemblés permettant plus discordances. Analyse de l'expression: · Terrains Volcano: Vous pouvez maintenant choisir les valeurs de tracer sur l'axe des x. Choisissez entre "différence" et "changement de pliage". Lire la suite... · La vue de table des parcelles de barres indique les mêmes intervalles que celle indiquée dans le tracé de la barre. · Importateur générique pour les données de réseau d'expression en format tabulaire. Lire la suite... · Importateur générique d'expression expérimentation des données d'annotation en format tabulaire. Lire la suite... · Les fichiers ontologés gène (Go) peuvent maintenant être utilisés pour annoter une expérience d'expression. Lire la suite... · Profilage des balises: vous n'êtes plus autorisé à annoter des échantillons d'étiquettes, uniquement des expériences · Le panneau latéral de la table d'expérimentation a été réorganisé pour offrir une meilleure vue d'ensemble. Lire la suite... Importer des données de séquençage à haut débit: · Outil d'importation déplacé de la boîte à outils dans le menu Fichier et la barre d'outils. Lire la suite.. · Importer et exporter le format d'alignement de SAM. Lire la suite... · Importation de données d'alignement en format délimitée par tabulation, y compris le format d'alignement Eland. Lire la suite... · Importation de format de fichier Illumina QSEQ. Lire la suite... · La liaison dans 454 données est également trouvée pour les matchs non parfaits, en savoir plus ... Visualisation améliorée des contiguations: · Les nucléotides non alignés à l'intérieur des lectures d'extrémité appariée sont maintenant montrés · Les lectures de fin de jumelage ont une seule ligne reliant la paire plutôt que des lacunes · Faites glisser les poignées pour déplacer la bordure alignée / non alignée ne sont indiquées que lorsque vous pouvez voir les bases des lectures. Cela signifie que vous devez avoir zoomé à 100% ou plus et que les niveaux de compacité choisis "non compacts" ou "bas". Sinon, les poignées de glissement ne sont pas disponibles (ceci est fait pour rendre la vue d'ensemble visuelle plus simple). Lire la suite.... · Il est possible d'afficher des paires qui se chevauchent · Les lectures non assemblées d'un assembly conservent désormais leur statut d'extrémité appariée (cela signifie également que vous pouvez obtenir deux listes - une avec des paires et une avec le reste des paires cassées · Table de sortie de détection SNP rapporte maintenant si plusieurs SNP non synonymes existent dans le même codon · Dialogue de détection SNP: le filtrage de la qualité n'est plus désactivé lorsque des scores de qualité sont manquants. En raison de problèmes de performance, il n'est pas possible de vérifier si des scores de qualité sont présents. La détection SNP omet simplement omettre le filtrage de la qualité de la qualité si des scores de qualité ne sont pas présents. · Détection SNP: possible de détecter des variantes avec une fréquence inférieure à 1%. · Le rapport de CONTOS comprend maintenant des informations sur la couverture pour les régions couvertes et une référence entière. Lire la suite... · Ouverture de la séquence de consensus, y compris les lacunes, mettra également NS avant que la séquence de consensus ne commence et après sa fin. · La fonctionnalité de la garniture inclut désormais la possibilité de couper un nombre prédéfini de nucléotides de l'une ou l'autre extrémité d'une lecture. Lire la suite... · Clonage de la passerelle. Prise en charge simple et facile à utiliser pour la création de clones d'entrée et d'expression de passerelle. Lire la suite... · Recherchez des allumettes parmi toutes vos amorces enregistrées. L'outil Trouver des sites de liaison a été grandement amélioré pour vous permettre de rechercher parmi toutes vos amorces. De plus, vous obtenez également une sortie tabulaire des sites de liaison et des fragments possibles. Lire la suite... · En Silico PCR: Créez un produit PCR basé sur une paire d'apprêt et une séquence de modèle (y compris des extensions d'amorce). Dans le cadre de l'amélioration des sites de liaison à la recherche et créez des fragments, vous pouvez extraire le produit PCR de la liste des fragments à travers un menu de clic droit. Lire la suite... · Vérifiez la spécificité de l'amorce. Dans le cadre de l'amélioration des sites de liaison à la recherche et créez des fragments, vous pouvez rechercher une paire d'apprêt dans une liste de séquences cibles potentielles et voir un tableau d'ensemble des sites de liaison et des incompatibles ainsi que des fragments de PCR potentiels. Lire la suite... Déploiement: · Vous pouvez définir un chemin d'accès à l'emplacement de données par défaut utilisé lorsque le Workbench commence pour la première fois. Ceci est une fonctionnalité pour aider les administrateurs système à contrôler les nouvelles installations par défaut Enregistrez leurs données. Lire la suite... · Prise en charge de la suppression des outils Accès Internet (Blast NCBI, Notifications de mise à jour, etc.). Lire la suite... Importations générales et exportation: · Soutien à l'importation de régions complexes à partir de fichiers GFF · Exporter des tables et des rapports au format Excel. · Section d'importation du manuel d'utilisation ré-structuré pour donner un meilleur aperçu En savoir plus .... Les importateurs de données d'expression sont désormais décrits dans les détails techniques dans une section distincte en savoir plus .... · Vous pouvez maintenant exporter plusieurs listes de séquence dans FASTA FORMAT · L'importation forcée de fichiers zip est maintenant prise en charge (elle obligera l'importation du contenu du fichier zip) · L'importation standard accepte maintenant les fichiers GZIP et TAR ainsi que ZIP · Si une importation forcée échoue, il y aura plus d'informations techniques sur ce qui s'est mal passé, vous permettant d'identifier une mauvaise mise en forme des fichiers d'importation. · L'importateur GENBANK et GFF fait maintenant plusieurs tentatives de nommer des gènes qui n'ont pas de nom de gènes. Il essaiera d'itérativement les qualifications suivantes: "Produit", "locus_tag", "protéine_id" et "transcript_id" · Lors de l'importation de fichiers GenBank lorsque la longueur indiquée ne correspond pas à la séquence réelle, un avertissement est affiché mais la séquence est acceptée. · Lors de l'exportation au format CSV, les paramètres locaux sont utilisés pour déterminer si des virgules ou des semi-couches doivent être utilisés comme délimiteur (virgule utilisée pour les locaux américains) · Le plug-in GFF a été mis à jour pour accepter des annotations complexes Divers: · Reseytage avancé d'annotations à l'aide de la table d'annotation. Lire la suite... · Amélioration de la déclaration des situations lorsqu'un disque complet empêche la sauvegarde des données · Téléchargement de séquences à l'aide du glisser-déposer dans la table de recherche ne crée plus de nud "Téléchargement ..." dans le dossier. Le processus de téléchargement peut être surveillé dans l'onglet Processes. · La conception d'amorce prend désormais en charge les fragments de PCR de plus de 5000 pb. · Extraire des séquences déplacées du fichier Manu à Toolbox-> Analyse de séquence générale. Lire la suite... · Meilleure rétroaction de progression sur divers dialogues Correction des bugs: · Problème d'ordre des gènes lors de la mise en place d'expériences d'ARN-SEQ. Si l'ordre des séquences d'entrée n'était pas le même pour tous les échantillons, l'expérience serait fausse. · Correction d'une mauvaise orientation de données de paire de mate solides · Problème fixe avec la nommage des onglets. Le correctif signifie que sur Windows et Linux Data non enregistré reçoit désormais un * plutôt que de rendre le nom d'onglets audacieux et en italique. (Cela a toujours été le comportement sur Mac OS X). · Problème fixe Affichage de l'étiquette "Copie ..." lors de la copie de données, puis mettez à jour le dossier · Étiquette trompeuse lorsque l'assemblage lit lit moins de 15 pb. Maintenant, il dit que ces lectures seront ignorées dans l'assemblage

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