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Application multiplate-forme pour analyse MCMC bayésien des séquences moléculaires Beast (Analyse évolutive Bayésienne des arbres d'échantillonnage) est une application gratuite et open source pour une inférence évolutive à partir de séquences moléculaires.Beast est une application croisée pour l'analyse moléculaire bayésienne de séquences moléculaires. La bête est entièrement orientée vers des phylogénies enracinées et mesurées dans le temps déduit à l'aide de modèles d'horloge moléculaire stricte ou décontractée.Beast peut être utilisé comme méthode de reconstruction de la phylogénie, mais constitue également un cadre pour tester des hypothèses évolutives sans conditionnement sur une seule topologie. Beast utilise MCMC en moyenne sur l'espace des arbres, de sorte que chaque arborescence est pondérée proportionnelle à sa probabilité postérieure. Voici quelques caractéristiques clés de "Bête": · Modèles d'horloge moléculaire à taux constant. · Ceci est le modèle par défaut. L'arbre peut être calibré en spécifiant un taux de mutation. · Taux variable (détendu) modèles d'horloge moléculaire. · Implémente les modèles d'horloge détendus non corrélés de Drummond, Ho, Phillips et Rambaut (2006, Biologie Plos), voir ci-dessous pour une citation complète. · Estimations de la date de divergence. · Les dates de divergence pour des ancêtres communs spécifiques (MRCA) peuvent être estimés. · Séquences non contemporaines (! TIPDate) Modèles d'horloge moléculaire. · Lorsque les différences entre les dates associées aux séquences comprennent une proportion importante de l'âge de l'arbre entier, ces dates peuvent être intégrées au modèle fournissant une source d'informations sur le taux de substitution. · Hétérogénéité du modèle de substitution sur des sites. · Différents modèles de substitution peuvent être spécifiés pour différents ensembles de sites. Par exemple, chaque position de codon peut être autorisée à une matrice de substitution différente et à un modèle gamma d'hétérogénéité à taux. · Spécification de modèle flexible. · Le format de fichier de spécification de modèle permet une flexibilité considérable. Par exemple, il est possible de préciser que chaque position du codon a un taux différent, un degré d'hétérogénéité de taux différent, mais le même rapport de transition / transversion. · Gamme de modèles de substitution. · Beast (analyse de l'analyse évolutive bayésienne) est une application libre et open source d'une inférence évolutive des séquences moléculaires. · Choix flexible de prors sur les paramètres. · Tout paramètre peut être administré avant. Par exemple, l'âge de la racine de l'arbre peut recevoir un exponentiel avant avec une moyenne donnée. · Modèles de la taille et de la croissance de la population de Coalescents. · Différents modèles de croissance de la population coalescente peuvent être utilisés. À l'heure actuelle, la taille constante et la croissance exponentielle sont disponibles, mais plus sera ajoutée bientôt. Ces modèles agissent essentiellement en tant que prior sur l'âge des nuds de l'arborescence, mais les paramètres (taille de la population et taux de croissance) peuvent être échantillonnés et estimés. · Modèles Coalescents multi-locus. · Deux gènes non liés peuvent recevoir le même modèle de population de Coalescent, mais un processus de substitution différent et un arbre de substitution différent, permettant la production d'une inférence multi-locus coalescente. · Modèles d'horloge moléculaire de l'horloge locale. · Permettre différentes clades dans l'arborescence d'avoir des taux différents (ou bien, des processus de substitution complètement différents). Quoi de neuf dans cette version: Nouvelles fonctionnalités: · Versions GUI de Beast Afficher une boîte de dialogue pour définir diverses options uniquement disponibles par ligne de commande. Corrections de bugs: · Problème 55: Le journal d'écran MCMC ne fonctionne pas actuellement. · Numéro 70: Beauté et partition dans des postes de codon · Numéro 72: Beauti devrait limiter les paramètres de modèle GTR limite durs · Numéro 122: Ctrl-A à Beauti -> Exception · Numéro 127: Beauti Panel an préalable, haut supérieur et inférieur ne montre pas · Infinity · Numéro 128: Beauti: La croissance logistique préalable de l'arbre n'est pas disponible pour · Calibrage · Numéro 146: Beauti: modèle de covarion binaire · Numéro 169: Modification du nom de fichier STEM dans Beauti provoque l'insertion · Pointez pour aller à la fin · Numéro 173: Beauti: exception partiellement liaison · Numéro 181: Beauti: besoin d'amélioration du comportement par défaut lors de l'ajout · Alignement supplémentaire après le désabonnement de tous · Numéro 193: Amélioration de la convergence Diagnostic: calculer une taille effective de · Les courses combinées en concaténant les échantillons · Numéro 194: Beauti: exception de définition préalable lors du changement de valeur · Numéro 199: Tracer ne montre que la première entrée de fichier journal lors de la multiplication · Les entrées ont le même nom · Numéro 201: Modification du nom de fichier STEM dans le panneau MCMC provoque un point d'insertion · Pour sauter pour finir · Numéro 202: Construire des scripts produisant des classes JDK 1.6 afin que la distribution échoue · Sur des machines avec JDK 1.5 · Numéro 203: Launch4j Bug affectant le lien de nucléotidélikelihoodcore.dll · Numéro 204: Beauti: La taille de la constante de l'arbre ne fonctionne pas pour l'étalonnage des nuds · Numéro 205: Disposé dans la console à l'aide de Windows. · Paramter pour exécuter Beast · Numéro 209: Dose pathogène ne compile pas · Numéro 211: Beauti: Le modèle de site acide aminé XML est faux · Numéro 212: Version Linux Beast: Besoin Chmod 755 * · Numéro 215: Les allocations de mémoire par défaut pour l'emballage Mac sont trop petites · Problème 216: Les allocations de mémoire par défaut pour les emballages Linux sont trop petites · Numéro 217: Problèmes avec l'emballage Mac OS X · Numéro 218: boîte de dialogue BeastMain Options Donner une erreur "Valeur d'entrée illégale · Doit être entre 1 et 21474863647 " · Numéro 220: Les scripts shell pour lancer la bête dans la ligne de commande ne peuvent pas faire face · Avec des espaces sur le chemin. · Numéro 221: Répressionnez les opérateurs de modèle de substitution dans Beauti · Numéro 222: Nommage de «Tree-réseau» quand seulement 1 partition · Numéro 223: Définissez le nom du fichier "Analyse de l'opérateur" en tant qu'attribut dans · Élément MCMC · Numéro 225: TreePartitionCookeCentCent n'est pas existant · Numéro 226: Les analyseurs dans la sortie_Parsers.Propriétés doivent être mis à jour · Numéro 227: Correction de Beastdoc pour générer des étiquettes Doc pour les utilisateurs de Beast · Numéro 229: Un autre échec du cadre de test · Numéro 231: Retarder le début de la mesure de la performance jusqu'à après · Évaluation complète · Problème 232: la version Mac (Windows?) De Beast ferme la console sur erreur · Numéro 234: rendre le redouté "La postérieure initiale est zéro" erreur un peu · Plus amical de déboguer · Numéro 236: Dr.Evomodel.operators.TraiterAgibbsoperator est dupliqué avec · Égurs d'analyse dans l'une ou l'autre version_parser.properties ou beastparser.java · Numéro 237: Beauti: Ensemble de taxon ne manipule pas la partition multi-arbres · Numéro 238: Nommage des "modèles" quand une seule partition · Numéro de 240: Beauti: userambiguations de la tirichyhood devrait être par défaut · Comme vrai pour Binay Covarion · Problème 242: Beauti: Créez une case à cocher pour choisir uveambiguité dans · Treeeliorihood pour les données binaires · Problème 244: Urgent: examen préalable par défaut · Problème 247: Beauti: Mauvais XML dans des fréquences en choisissant un binaire empirique · Modèle de covarion · Problème 248: Beauti Exception (* Bête) lors de la liaison de même taxons pour un · Modèle d'arbres en administrant différents taxons au total · Numéro 250: Beauti: mauvais bloc d'alignement pour plusieurs gènes lors du choix · "Créer un alignement vide" · Numéro 253: Beauti Ajouter une boîte contextuelle pour vérifier les prieurs par défaut lorsque · Cliquez sur Générer un fichier Beast · Problème 254: Beauti générer un bouton XML doit être désactivé après toutes les données. · Partition supprimée · Problème 255: désactiver les avertissements d'analyse d'analyse par défaut pour la version publiée · Numéro 256: Beauti: Ajouter un commentaire en XML "skyride.logpopsize est logement de journal · Contrairement à d'autres apparences " · Problème 257: Beauti: Les données binaires et plusieurs partitions ne génèrent pas · Le site de Sitemodel correctement · Problème 259: Beauti: problème de panneau MCMC Mac OS · Numéro 260: Beauti: Anglais correct · Numéro 261: Erreur lors de l'analyse d'analyse avec ID NULL · Numéro 262: Mauvais XML de testsCataclysmcoalescentes.xml · Numéro 264: ImportException: erreur de format de numéro pour

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