Apbs Logiciel pour évaluer les propriétés électrostatiques des systèmes biomoléculaires de nanométrie
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Apbs Classement & Résumé

Apbs Mots clés

évaluer évaluateur Interaction électrostatique électrostatique

Apbs La description

Logiciel pour évaluer les propriétés électrostatiques des systèmes biomoléculaires de nanométrage APBS est un package logiciel pour la solution numérique de l'équation Poisson-Boltzmann (PBE), l'un des modèles de continuum les plus populaires pour décrire des interactions électrostatiques entre les solutés moléculaires dans des supports salés et aqueux. L'objectif de PAPBS est d'évaluer efficacement les propriétés électrostatiques pour de telles simulations. Dans une large gamme d'échelles de longueur afin de rendre possible l'enquête sur des molécules avec des dizaines de millions d'atomes. L'électrostatique de l'encontitude joue un rôle important dans plusieurs domaines de la simulation biomoléculaire, notamment: - la simulation de processus diffusionnels afin de déterminer la protéine et la protéine de ligand-protéine -Protéine de cinétique de liaison, - Dynamique moléculaire de solvant implicite des biomolécules, - Calculs d'énergie de solvation et de liaison pour déterminer les constantes de liaison d'équilibre de la protéine et de la protéine-protéine-protéine-protéine-protéine dans la conception de la drogue rationnelle, et des études de titration biomoléculaire.Note: APBS est autorisé et distribué sous les termes de la licence BSD et de la licence du MIT. Quoi de neuf dans cette version: NOUVELLES FONCTIONNALITÉS: · Guide de l'utilisateur APBS déplacé et Tutoriel sur MediaWiki · Ajouté en support pour OpenMPI pour des calculs parallèles · Ajout de la prise en charge de la ligne de commande pour les soumissions d'emploi OPAL (Code par Samir UNNI) · Point de chemin autorisé contenant des espaces dans le fichier d'entrée, tant que l'ensemble du chemin est dans des citations ("") · Documenté "Test test" et caractéristiques associées MODIFICATIONS: · Modifiez la fonction BCCALC à mars à travers le réseau de données linéairement lors de la définition des conditions limites. Cela supprime la duplication des points de grille sur le bord de la matrice et des coins. · Documentation clarifiée sur les IDS affectés aux cartes d'entrée, PQRS, fichiers de paramètres, etc. · Didacticiel mis à jour pour avertir des espaces dans APBS Pays de fonctionnement du répertoire de la VMD; Guide de l'utilisateur mis à jour pour avertir des espaces dans l'installation d'installation APBS sur Windows · "TRANS TEST" a été reconfiguré pour fonctionner avant d'émettre une installation (peut être exécuté à partir du répertoire supérieur) · Suppression d'outils / Visualisation / VMD à partir du répertoire Outils au lieu de support intégré à VMD · Les longueurs de chemin peuvent maintenant être de plus de 80 caractères · Liste d'auteur étendue · Ajouté dans "Make Test-opal" comme test post-installation (exécuté à partir du répertoire d'installation des exemples) · Ajout de concentrations supplémentaires au boîtier de test de la protéine-ARN afin de mieux englober les conditions expérimentales utilisées par Garcia-Garcia et Draper; Cela améliore l'accord avec les données publiées Corrections de bugs: · Catégorie de frappe fixe dans le Guide de l'utilisateur (mot-clé ionique) et l'utilisation clarifiée par mot clé SMPBE · Typo fixe dans le Guide de l'utilisateur (Writemat: Poise -> Poisson) · Mise à jour Psize.py avec le correctif de Robert pour corriger une affectation incohérente de nombres de grille fins dans certains cas (très) rares · Bug fixe avec attribution de conditions limites. Cela pourrait potentiellement affecter tous les calculs; Cependant, a probablement un impact limité: de nombreux cas de test ont donné des résultats identiques après la correction du bogue; Le changement de valeur le plus important était <0,07%.

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