Workbench de biologie des systèmes Systems Biology Workbench (SBW) est un cadre simple pour les intercommunications d'applications.
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Workbench de biologie des systèmes Classement & Résumé

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Workbench de biologie des systèmes La description

Systems Biology Workbench (SBW) est un cadre simple pour les intercommunications des applications. Systems Biology Workbench (SBW) est un cadre simple pour les intercommunications des applications. Le projet utilise une architecture de courtier basé sur des messages, qui prend en charge de nombreuses langues, notamment Java, C, Perl et Python, et fonctionne sous Linux, OSX et Win32.Quelle est SBwResearchers dans la biologie des systèmes quantitatifs utilise un grand nombre de Différents packages logiciels pour la modélisation, l'analyse, la visualisation et la manipulation générale des données. Le Workbench de la biologie des systèmes (SBW) est un cadre logiciel qui permet aux composants d'application hétérogènes - écrits dans divers langages de programmation et fonctionnant sur différentes plates-formes - pour communiquer et utiliser les capacités de chacun via un système de messagerie codé binaire rapide. Notre objectif était de créer une infrastructure logicielle open-source simple et performante, facile à mettre en uvre et à comprendre. SBW permet aux applications (éventuellement en cours d'exécution sur des ordinateurs distincts et distribués) pour communiquer via un simple protocole réseau. Les interfaces au système sont encapsulées dans des bibliothèques côté client que nous fournissons différentes langages de programmation.at le dernier décompte, il y avait plus de 75 packages différents pour simuler des réseaux cellulaires (voir www.sbml.org). Cette prolifération d'outils a entraîné une variété de capacités et d'interfaces. Bien que les bienvenus à bien des égards, cette prolifération a entraîné deux effets secondaires indésirables: 1. Chaque outil utilise son propre format, souvent non documenté, pour stocker des modèles. Le résultat est qu'un modèle enregistré dans un seul outil ne peut pas être chargé dans un autre. Cela entrave évidemment le libre échange de modèles d'un outil à un autre.2. Le deuxième problème est que bon nombre des outils en double sur les capacités de chacun. L'écriture des outils de simulation prend du temps et de nombreux projets sont de courte durée, ce qui signifie que les auteurs sont incapables de développer des outils très loin. En conséquence, bon nombre des outils fournissent des fonctionnalités similaires. Contrairement aux autres communautés de développement de logiciels, il y a peu de tradition de réutilisation de code dans la communauté de la biologie du système. En conséquence, la communauté a connu beaucoup d'effort dupliqué.Model échange du premier problème, celui de l'échange de modèles, a été abordé en introduisant un format standard pour tous les écrivains de l'outil à employer. Cette norme s'appelle la chaîne de balisage de biologie des systèmes (SBML) ainsi que CellML (www.cellml.org), l'introduction d'un format standard commence à avoir un impact significatif sur les écrivains d'outils et la majorité des outils les plus utilisés actuels utilisent maintenant. SBML comme moyen d'échanger des modèles.Code réutilisation Le deuxième problème est plus difficile à résoudre, c'est-à-dire comment encourager la réutilisation du code dans la communauté. Notre tentative de résolution Cela a été de développer un cadre logiciel appelé Workbench de biologie du système. Le Workbench permet à différents outils d'exposer la fonctionnalité programmatique à d'autres outils. Cela signifie qu'un développeur peut désormais s'appuyer sur des travaux antérieurs sans avoir à comprendre en détail les fonctionnements internes souvent complexes d'autres outils. Tous les développeurs ont besoin de savoir sont l'interface que l'outil expose. Ainsi, un outil particulier peut exposer une interface de simulation dépendante de temps à partir d'un outil de simulation, un autre développeur d'outils, plutôt que d'inventer un autre outil de simulation, peut exploiter cette capacité et développer un nouvel outil pouvant effectuer des fonctions supplémentaires. La charge de travail du deuxième développeur est considérablement réduite et elle peut plutôt se concentrer sur de nouvelles fonctionnalités. Ce travail est actuellement soutenu par le soutien généreux de Darpa et de la DOE.

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