Rdkit Logiciel de chimenformatique et d'apprentissage automatique
Télécharger maintenant

Rdkit Classement & Résumé

Rdkit Mots clés

apprentissage Bibliothèque Python machine apprentissage automatique Cheminformatics Apprentissage Cheminsformatics

Rdkit La description

Chemo et machine Logiciel d'apprentissage RDKit est une bibliothèque Python avec des structures de données, des algorithmes et des scripts pour cheminformatics.General de fonctionnalité moléculaire Entrée / Sortie: SMILES, mol, SDF, TDT « Chemo »: - Ossature recherche avec SMARTS - Canonique SMILES - Support chiralité - sérialisation facile (texte molécule) représentation 2D (y compris la représentation limitée) génération de 2D -> 3D via la géométrie à distance mise en uvre UFF pour le nettoyage des géométries de Fingerprinting (lumière du jour comme « touches MACCs », etc.) similarité / diversité pickingGeneral moléculaire fonctionnalité, CNTD sous-graphe / analyse Fragment charges Gasteiger de la similitude alignement molécule molécule à base de forme transformations moléculaires (en utilisant SMARTS) fonctionnalité « QSAR » général bibliothèque de descripteur moléculaire: - topologiques (3, Balaban J, etc.) - état Electrotopological (ESTATE) - ClogP, MR - « MOE comme » descripteurs VSA - autres apprentissage: - Clustering - Les arbres de décision, Naive Bayes *, * * kNN fonctionnelle, mais pas une grande mise en uvre - ensachage, au hasard forêts - Infrastructure: le partage des données classification brassage hors-sac modèles sérialisable parcelles d'enrichissement, de dépistage, outils etc.Command ligne ML / BuildComposite.py: modèles de construction ML / ScreenComposite.py: modèles d'écran de ML /EnrichPlot.py: générer des données de terrain enrichissement ML / AnalyzeComposite.py: analyser les modèles (niveaux de descripteurs) Chem / Fingerprints / FingerprintMols.py: générer 2D empreintes digitales Chem / BuildFragmentCatalog.py: analyse CASE type avec un catalogue hiérarchique Exigences : · Python Quoi de neuf dans cette version: · La structure du répertoire de la distribution a été modifiée afin de rendre l'installation des modules de python RDKit plus simples. Plus précisément, le répertoire $ RDBASE / Python a été renommé $ RDBASE / rdkit et le code Python attend maintenant que $ RDBASE est dans votre PYTHONPATH. Lors de l'importation des modules Python RDKit, il faut maintenant faire: « d'importation rdkit Chem » au lieu de « importation Chem ». ancien code continuera à travailler si vous ajoutez également $ RDBASE / rdkit à votre PYTHONPATH, mais il est fortement recommandé de mettre à jour vos scripts afin de refléter la nouvelle organisation. · Pour les programmeurs C: Il y a un changement non rétrocompatible dans les atomes de manière et les obligations sont stockées sur des molécules. Voir la section * Autres * pour plus de détails. Remerciements · Kirk DeLisle, Noel O'Boyle, Andrew Dalke, Peter Gedeck, Armin Widmer Correction de bugs · Manipulation incorrecte de 0s que les chiffres de fermeture de cycle (questions 2525792 et 2690982) · Une mauvaise manipulation d'atomes avec explicites Hs dans les réactions (question 2540021) · SmilesMolSupplier.GetItemText () se bloque (numéro 2632960) · Une mauvaise manipulation des séparations de points dans SMARTS de réaction (question 2690530) · Bad lignes de charge dans des blocs mol pour les grosses molécules (numéro 2692246) · Dépendance Commander AssignAtomChiralTagsFromStructure (numéro 2705543) · La dépendance de la commande dans le code 2D pharmacophore · Les LayeredFingerprints traitent actuellement des liaisons monocycliques non aromatiques entre des atomes aromatiques correctement. Nouvelles fonctionnalités · BRICS mise en uvre · Empreintes digitales Morgan / circulaire mise en uvre · Le code 2D pharmacophore utilise désormais les fichiers standards RDKit de FDEF. · Des informations de parité Atom dans CTABs maintenant écrit et lu. Si elle est présente sur la lecture, drapeaux de parité atomique sont stockés dans la propriété atomique « molParity ». · Une option argument « de fromAtoms » a été ajouté aux paires d'atomes et les empreintes digitales de torsion topologiques. Si cela est prévu, seules les paires d'atomes, y compris les atomes spécifiés, ou torsions qui commencent ou se terminent soit au niveau des atomes spécifiés, seront inclus dans l'empreinte digitale. · Kekulization est maintenant en option lors de la génération CTABs. Étant donné que la spécification MDL suggère que des liaisons aromatiques ne sont pas utilisés, cela est principalement destiné à des fins de débogage. · La fonction removeStereochemistry () (RemoveStereoChemistry () à partir de Python) a été ajouté pour retirer toutes les informations stéréochimique de la molécule. Autre · La fonctionnalité graphique basée Qt3 en $ RDBASE / rdkit / QtGui et $ RDBASE / Projets / SDView est dépréciée. Il doit encore travailler, mais il sera supprimée dans une version future. S'il vous plaît ne pas quoi que ce soit de construire de nouvelles sur ce cadre (très vieux et il grince). · La fonction DaylightFingerprintMol () est maintenant dépréciée, utilisez RDKFingerprintMol () à la place. · Pour les programmeurs C ++: Les méthodes Romol GetAtomptompmap () et GetBONDPMAP () ont été supprimées. Les molécules elles-mêmes prennent maintenant en charge une méthode opérateur [] () qui peut être utilisée pour convertir les itérateurs de graphes (E.G. Romol: Edge_iterator, Romol :: Vertex_iterator, Romol :: Adjacency_Pendator) aux atomes et obligations correspondants. Nouvelle API for Looping sur les obligations d'un atome: ... Molptr est un const Romol * ... ... Atomptr est un const atome * ... Romol :: Oured_iter Beg, fin; boost :: cravate (mendier, fin) = molptr-> gettatombonds (aomptatr); tandis que (beg! = fin) {const bond_sptr Bond = (* molptr) ; ... faire quelque chose avec le lien ... ++ Beg; } Nouvelle API pour la boucle sur les atomes de molécule: ... mole est une ... Romol :: Vertex_iter Atbegin, aend; boost :: cravate (Atbegin, aend) = mol.gevertices (); tandis que (ATBEGIN! = ATEND) {ATOM_SPTR AT2 = MOL ; ... faire quelque chose avec l'atome ... ++ atbegin; }

Rdkit Logiciels associés