STEPP: Technique SVM pour évaluer les peptides protéotypiques Application pour évaluer les peptides protéotypiques
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STEPP: Technique SVM pour évaluer les peptides protéotypiques Classement & Résumé

STEPP: Technique SVM pour évaluer les peptides protéotypiques Mots clés

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STEPP: Technique SVM pour évaluer les peptides protéotypiques La description

STEPP est un utilitaire avancé conçu pour calculer un score représentant comment le "protéotypique" un peptide est de LC-MS. Le programme peut lire un fichier protéique, effectuer une digestion en silico et calculer le score d'observabilité de chaque peptide tryptique ou partiellement tryptique. Notez que des scores plus importants (positifs) signifient qu'un peptide devrait être plus protéotypique, tandis que les scores inférieurs (négatifs) signifient que le peptide n'est pas prévu pour être protéotypique. Le modèle SVM utilisé par STEPP est un simple espace de descripteur basé sur 35 propriétés de teneur en acides aminés, de charge, d'hydrophilie et de polarité pour la prédiction quantitative de peptides protéotypiques. Le modèle a été formé et validé avec trois bases de données AMT de manière dérivée indépendante (Shewanella Oneïdensis, Salmonella Typhimurium, Yersinia Pestis). Le SVM a abouti à une mesure de précision moyenne d'~ 0,8 avec un écart type inférieur à 0,025.

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