Fonzie Trouvez des marqueurs avec cet outil
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Fonzie Classement & Résumé

Fonzie Mots clés

marqueur cartographie la génétique

Fonzie La description

Fonzie est une application informatique basée sur Python créée pour la spécialité de la cartographie génétique. Fonzie vous permet de trouver des marqueurs sur un ensemble de séquences et d'associer des oligonucléotides aussi. Fonzie appelle Tandem Repeat Finder sur le fichier de séquence nucléique d'entrée (FASTA FORMAT). Chaque marqueur est criblé concernant différents critères (taille, pourcentage des correspondances, présence dans des régions spécifiques de la séquence d'entrée). Ensuite, la sensibilité du marqueur est établie en effectuant une explosion contre une base de données de séquences nucléiques (qui incluent le fichier d'entrée). Cette base de données doit être créée avant l'utilisation de Fonzie. Dans l'étape suivante, les paires d'amorces sont conçues, en utilisant Primer3, pour les marqueurs sélectionnés. Fonzie Testez ensuite la sensibilité du produit d'amplification à l'aide d'une explosion contre la base de données. Les fichiers de sortie de Fonzie sont un fichier texte délimité à tabulation comprenant des données sur les marqueurs et les amorces, un fichier DAT qui est la sortie de TRF et 3 répertoires contenant respectivement, la séquence de marqueur dans FASTA, la séquence de produits d'amplification dans FASTA et un fichier de données pour chaque marqueur.

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